结论：扣全勤通常指的是扣除与出勤相关的奖励部分，而非直接扣除休假或基本工资。但具体是否扣除全勤奖，需结合休假性质及公司规章制度来判断。以下从不同角度详细分析：
一、休假性质与全勤奖的关系
法定休假（如年假、病假、婚假等）：
- 年假：根据《职工带薪年休假条例》，员工在年假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入，包括全勤奖。因此，用人单位不应因员工休年假而扣除全勤奖。
- 病假、婚假等：类似地，这些法定休假也是员工的合法权益，用人单位在员工休这些假期间，同样不应扣除全勤奖。
事假：
- 事假通常不是员工的法定权利，而是用人单位根据内部规章制度来管理的。如果公司规章制度明确规定事假期间不享受全勤奖，那么扣除全勤奖可能是合理的。但这一规定需经过民主程序制定，内容不违反法律法规，且已向劳动者公示或告知。
二、公司规章制度的影响
- 规章制度合法性：如果公司规章制度明确规定某些休假（如事假）期间不享受全勤奖，并且这一规定符合法律法规的要求，那么公司有权按照规章制度执行。
- 规章制度公示与告知：公司规章制度需经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知，否则可能对劳动者不产生约束力。如果员工对规章制度不知情或规章制度本身违法，那么扣除全勤奖的行为可能无效。
三、实际操作建议
对于员工：
- 了解公司规章制度：在入职时或休假前，仔细阅读公司规章制度，了解全勤奖的发放条件和扣除情形。
- 保留证据：如果公司无故扣除全勤奖，员工应保留相关证据（如休假申请、工资条等），以便后续维权。
- 沟通协商：首先尝试与公司沟通协商，要求公司按照法律法规和规章制度执行。
- 投诉举报或劳动仲裁：如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报，或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 制定合法合理的规章制度：确保规章制度内容合法、合理，且经过民主程序制定。
- 公示与告知：将规章制度向劳动者公示或告知，确保劳动者知悉并遵守。
- 依法执行：在执行规章制度时，确保不违反法律法规的要求，保障员工的合法权益。
四、法律后果
- 如果公司违法扣除全勤奖：员工有权要求公司补发全勤奖，并可能因此获得相应的经济补偿或赔偿。
- 如果员工恶意维权：如员工明知公司规章制度规定却故意违反，并以此为由要求公司支付全勤奖等费用，可能构成恶意维权，需承担相应的法律责任。
总结：扣全勤通常指的是扣除与出勤相关的奖励部分，而非直接扣除休假或基本工资。具体是否扣除全勤奖需结合休假性质及公司规章制度来判断。员工在休假前应了解公司规章制度，保留相关证据，并在必要时通过沟通协商、投诉举报或劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。用人单位则应制定合法合理的规章制度，并依法执行，以保障员工的合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。