结论概述：行政违法许可侵犯第三者权益且已过诉讼时效的情况下，第三者通常难以通过直接诉讼撤销该许可，但仍有其他法律途径和救济措施可供考虑。以下是对此问题的详细分析：
一、诉讼时效的影响
诉讼时效的定义：诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。在行政诉讼中，虽然不直接适用“诉讼时效”这一概念，但存在类似的起诉期限规定，即公民、法人或者其他组织认为行政行为侵犯其合法权益的，应在法定期限内提起诉讼。
已过诉讼时效/起诉期限的后果：若第三者未在法定期限内对行政违法许可提起诉讼或申请复议，且无法证明存在正当理由（如不可抗力或其他障碍），则可能丧失通过司法途径撤销该许可的权利。此时，行政机关作出的许可决定在形式上将具有法律效力，难以被直接推翻。
二、其他法律途径与救济措施
行政复议：
- 可能性：尽管已过起诉期限，但第三者仍可尝试向作出许可决定的行政机关的上一级机关申请行政复议，请求撤销或变更该许可。不过，行政复议的成功率取决于具体案情和复议机关的审查标准。
- 注意事项：行政复议同样存在期限限制，通常为知道该行政行为之日起六十日内。若已超过此期限，复议机关可能不予受理。
行政诉讼中的例外情形：
- 特殊情形下的起诉：在极少数情况下，如行政机关在作出许可时未履行法定告知义务，导致第三者不知悉其权益受到侵害，第三者可能在发现后的一定期限内提起诉讼。但这种情况需要严格的证据支持，且实践中较为罕见。
- 确认违法之诉：若行政许可行为本身存在重大违法情形（如违反法律强制性规定、超越职权等），即使已过起诉期限，第三者仍可能通过提起确认违法之诉来寻求救济。但此类诉讼的受理和判决结果具有不确定性。
民事赔偿诉讼：
- 侵权责任：若行政违法许可导致第三者遭受实际损失，第三者可考虑以侵权为由向直接实施侵权行为的主体（如获得许可的企业或个人）提起民事赔偿诉讼。
- 证据收集：在此类诉讼中，第三者需充分收集证据证明其损失与行政违法许可之间的因果关系，以及侵权主体的过错程度。
信访与投诉：
- 非司法途径：第三者还可通过信访、投诉等方式向相关部门反映情况，寻求行政机关的内部纠正或监督。虽然这种方式不具有强制力，但在某些情况下可能促使行政机关主动撤销或变更违法许可。
三、建议与注意事项
- 及时咨询专业律师：面对复杂的行政法律问题，第三者应及时咨询专业律师，以便准确评估案情、制定合适的维权策略。
- 全面收集证据：无论选择哪种法律途径，第三者都应全面收集与案件相关的证据材料，包括行政许可文件、侵权事实证明、损失评估报告等。
- 关注法律动态：行政法律领域经常出台新的法规、司法解释和政策文件，第三者应关注相关法律动态，以便及时调整维权策略。
总结与进一步思考：行政违法许可侵犯第三者权益且已过诉讼时效的情况下，第三者虽然面临一定的法律障碍，但仍可通过行政复议、民事赔偿诉讼、信访投诉等多种途径寻求救济。在具体操作中，第三者应根据自身情况和案情特点选择合适的维权方式，并注重证据收集和法律动态关注。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。