在双方和解的情况下，案件的判决结果会受到和解协议履行情况、案件性质及司法机关处理方式等多重因素影响，具体如下：

1. 和解协议履行完毕且符合法定条件，司法机关可能作出不起诉决定或从宽处理
   若案件属于刑事自诉案件（如故意伤害罪中轻伤二级以下情形），双方达成和解且赔偿到位、取得谅解后，自诉人可主动撤诉，司法机关通常不再追究刑事责任。若案件属于公诉案件（如故意伤害致人重伤或死亡），根据《刑事诉讼法》第288条，犯罪嫌疑人、被告人真诚悔罪并赔偿损失、取得谅解后，检察院可依法作出不起诉决定；若已进入审判阶段，法院可依据《刑事诉讼法》第290条对被告人从宽处罚，包括减轻或免除刑事处罚。例如，在轻伤案件中，若被告人积极赔偿并取得谅解，检察院可能作出相对不起诉决定，或法院判处缓刑。

2. 和解协议未履行或存在瑕疵，司法机关仍可能追究刑事责任
   若和解协议未实际履行（如赔偿款未支付），或存在胁迫、显失公平等情形，被害人可向司法机关申请恢复刑事程序。此时，司法机关将重新审查案件事实，若认定犯罪成立，仍会依法判决。例如，若被告人签署和解协议后拒不赔偿，检察院可撤销不起诉决定并提起公诉，法院将根据伤情鉴定结果（如轻伤、重伤）判处相应刑罚（如三年以下有期徒刑、拘役或管制，或三年以上十年以下有期徒刑）。

3. 民事赔偿部分通常以和解协议为准，但需符合法律强制性规定
   双方和解时约定的赔偿金额、方式等内容，若不违反法律、行政法规的强制性规定（如不得约定“以伤害换赔偿”等违法条款），司法机关一般予以认可。若和解协议存在重大误解、显失公平等情形，当事人可依据《民法典》第147-151条申请撤销或变更协议，但需在法定期限内提出（如知道撤销事由之日起一年内）。

建议：

• 若案件已进入刑事程序，建议委托律师协助与检察院、法院沟通，确保和解协议符合从宽处理条件；
  
• 签订和解协议时，务必明确赔偿金额、支付方式、违约责任等条款，并留存转账记录、谅解书等证据；
  
• 若对方未履行和解协议，及时向司法机关反映情况，申请恢复刑事程序或通过民事诉讼主张权利。
  

如有进一步疑问（如和解协议起草、刑事风险评估等），可直接向我咨询。