在合同纠纷案件中，法院是有可能判决禁止使用商标的，但这一判决并非绝对，需根据具体案情和法律规定来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同约定角度
如果合同中明确约定了商标的使用权限、范围以及违约责任等条款，且一方违反了这些约定，导致合同纠纷的发生，那么另一方在提起诉讼时，可以要求法院判决违约方停止使用商标。在这种情况下，如果法院认定违约事实成立，且停止使用商标是合理的救济措施，那么法院就有可能判决禁止违约方使用商标。
举例：甲乙双方签订了一份商标许可使用合同，约定甲方将其商标许可给乙方在特定范围内使用，并明确了使用期限和违约责任。如果乙方超出了约定的范围使用商标，或者在使用期限届满后继续使用商标，甲方就有权提起诉讼，要求法院判决乙方停止使用商标。
二、商标权保护角度
商标权是知识产权的一种，受到法律的保护。如果合同纠纷涉及到商标权的侵权问题，比如一方未经另一方许可，擅自使用其商标，那么被侵权方在提起诉讼时，可以要求法院判决侵权方停止使用商标，并承担相应的侵权责任。在这种情况下，法院会根据商标法的相关规定，以及侵权行为的性质、情节等因素，来综合判断是否判决禁止使用商标。
法律依据：根据《中华人民共和国商标法》的相关规定，未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标的，或者在类似商品上使用与其注册商标近似的商标，容易导致混淆的，均属侵犯注册商标专用权的行为。对于侵犯注册商标专用权的行为，商标注册人有权要求侵权人停止侵权行为，并可以请求法院判决侵权人承担相应的法律责任。
三、合同效力与商标使用关系角度
如果合同本身存在无效或可撤销的情形，比如因欺诈、胁迫等手段订立的合同，或者合同内容违反法律、行政法规的强制性规定等，那么合同中的商标使用条款也可能因此无效。在这种情况下，如果一方仍然依据无效的合同条款使用商标，另一方就有权提起诉讼，要求法院判决其停止使用商标。
举例：甲乙双方签订了一份商标转让合同，但后来发现该合同是因欺诈手段订立的，且转让的商标存在权属纠纷。在这种情况下，如果甲方仍然依据该合同使用商标，乙方就有权提起诉讼，要求法院判决甲方停止使用商标，并确认合同无效。
四、实际操作中的考量因素
在合同纠纷案件中，法院判决禁止使用商标时，还会考虑一些实际操作中的因素，比如：
建议：如果你正面临合同纠纷案件，且涉及到商标的使用问题，建议你及时收集相关证据，如合同文本、商标注册证书、使用记录等，并咨询专业律师（即我本人）的意见。我会根据你的具体情况，为你提供详细的法律分析和诉讼策略建议。