结论：侄子协议出资建房能否继承房产，需分情况讨论，关键在于房产登记情况、出资协议性质及是否存在遗嘱等因素。以下为具体分析：

1. 若房产登记在侄子名下
   根据《民法典》物权编，不动产以登记为准。若房产登记在侄子名下，则侄子是法律意义上的产权人，无需通过继承取得房产。此时，其他继承人无权主张分割该房产，但若存在其他出资人（如其他亲属共同出资），可能引发共有权纠纷，需通过协商或诉讼明确份额。

2. 若房产登记在他人名下（如叔叔/姑姑）

   • 存在合法有效的出资协议：若协议明确约定侄子出资后享有房产部分或全部权益（如“借名买房”或“合作建房”），侄子可依据协议主张权利，但需通过诉讼确认协议效力及产权归属。
     
   • 无明确协议或协议无效：若仅口头约定或协议因违反法律强制性规定（如规避限购政策）无效，侄子可能仅能以“债权人”身份要求返还出资，无法继承房产。此时房产按法定继承处理，由第一顺序继承人（配偶、子女、父母）继承，侄子不在法定继承人范围内。

3. 若被继承人留有遗嘱
   根据《民法典》继承编，遗嘱继承优先于法定继承。若被继承人在遗嘱中明确将房产留给侄子，则侄子可依据遗嘱继承房产，无论其是否出资建房。但需注意，遗嘱形式需合法（如自书遗嘱需亲笔书写、签名并注明年月日），否则可能被认定无效。

4. 特殊情形：代位继承或遗赠扶养协议

   • 代位继承：仅适用于被继承人的子女先于被继承人死亡时，由子女的直系晚辈血亲代位继承。侄子不符合代位继承条件。
     
   • 遗赠扶养协议：若侄子与被继承人签订协议，约定侄子承担生养死葬义务后继承房产，则侄子可依据协议取得房产。但需证明协议实际履行（如支付赡养费、照顾生活等）。

建议：

• 若您是出资方，建议签订书面协议并办理公证，明确房产归属及出资性质（如借款、赠与或投资），避免纠纷。
  
• 若您是继承人，需核查房产登记、出资协议及遗嘱情况，必要时通过诉讼确认权利。
  
• 具体操作需结合当地政策及个案证据，如有疑问可直接向我咨询，我会结合细节为您进一步分析。