结论：总公司是一般纳税人时，分公司可以根据自身情况选择作为小规模纳税人或一般纳税人，两者在增值税纳税人身份上相互独立。以下是对该问题的详细分析：

一、总公司与分公司的税务独立性

1. 独立纳税主体：总公司和分公司在税务上被视为两个独立的纳税主体。这意味着，总公司的纳税人类型（一般纳税人或小规模纳税人）并不会直接影响分公司的纳税人类型判定。
2. 独立认定：分公司的纳税人身份认定是独立进行的，需根据其自身的经营情况和税务登记来确定。因此，即使总公司是一般纳税人，分公司也有权选择自己的纳税人身份。

二、分公司作为小规模纳税人的条件

1. 年应税销售额标准：分公司如果年应征增值税销售额未超过500万元（此标准可能会根据政策有所调整，具体以最新规定为准），则有可能符合小规模纳税人的条件。
2. 会计核算与税务资料：分公司需要会计核算健全，能够按规定报送有关税务资料。若会计核算不健全，不能提供准确税务资料，则可能影响其作为小规模纳税人的资格。
3. 选择权：即使分公司符合小规模纳税人的标准，它也有权选择是否按小规模纳税人纳税。这取决于分公司的实际经营需要和税务策略。例如，如果分公司希望享受小规模纳税人的税收优惠政策，或者其客户群体对发票类型没有特定要求，那么选择作为小规模纳税人可能更为合适。

三、特殊情况说明

1. 同一县区内的情况：对于同一县区内的总公司和分公司，虽然它们在地理位置上相近，但在税务上仍然是两个独立的纳税主体。因此，分公司仍然可以根据自身情况选择作为小规模纳税人或一般纳税人。
2. 税务负担与经营管理影响：选择作为小规模纳税人还是一般纳税人，对分公司的税务负担和经营管理都会产生重要影响。例如，一般纳税人可以开具增值税专用发票，便于客户抵扣税款，但也可能面临更高的税负和更复杂的税务管理要求。因此，在做出决定之前，分公司应仔细评估各种因素，包括业务规模、客户群体、税收政策等。

四、法律建议

1. 了解政策：分公司应密切关注税收政策的变化，确保自己的纳税人身份选择符合最新规定。
2. 评估需求：分公司应根据自身经营需要和税务策略，评估选择作为小规模纳税人还是一般纳税人的利弊。
3. 咨询专业意见：如有任何疑问或需要更具体的法律建议，分公司可以直接向我咨询，以便更好地了解税务政策和规定，做出合理的选择。

综上所述，总公司是一般纳税人时，分公司可以根据自身情况选择作为小规模纳税人或一般纳税人。这一选择应基于分公司的实际经营需要、税务登记情况以及相关政策规定来综合考虑。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。