合作合同盖章通常使用的是公司公章或合同专用章。以下是对这一问题的详细分析：
公司公章：
- 法律效力：公司公章是公司处理内外部事务的印鉴，具有最高的法律效力。在合作合同上加盖公司公章，意味着公司对合同内容的认可和承诺，合同因此具有法律效力。
- 使用场景：公司公章通常用于涉及公司重大利益、重要决策或法律文件的签署，如合作合同、公司章程、股东会决议等。
合同专用章：
- 法律效力：合同专用章是专门用于签署合同的印章，其法律效力与公司公章在合同签署方面相同。加盖合同专用章同样表示公司对合同内容的认可和承诺。
- 使用场景：合同专用章通常用于日常合同签署，特别是那些不涉及公司重大利益或重要决策的合同。使用合同专用章可以更加便捷地管理合同签署流程，提高工作效率。
在选择使用哪种印章时，公司应考虑以下因素：
- 合同性质：如果合同涉及公司重大利益或重要决策，建议使用公司公章以彰显其严肃性和重要性。
- 管理便利性：如果公司日常需要签署大量合同，使用合同专用章可以更加便捷地管理合同签署流程。
- 公司规定：公司应制定明确的印章使用规定，明确不同印章的使用范围和审批流程，以确保印章使用的合规性和安全性。
此外，还需要注意以下几点：
- 印章保管：无论使用哪种印章，都应确保印章的安全保管，防止被盗用或滥用。
- 印章使用审批：在使用印章前，应经过适当的审批流程，确保合同内容已经得到公司内部的认可和批准。
- 合同备份：签署合同后，应妥善保管合同原件和备份，以备不时之需。
若在合作合同盖章过程中遇到任何问题或纠纷，如印章被盗用、合同内容存在争议等，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。作为专注于合同纠纷领域的律师，我可以为你提供专业的法律咨询和解决方案，帮助你维护自身合法权益。