结论：总公司中标后，一般不可以直接由分公司签订合同，但在特定条件下，如获得招标人同意或分公司获得总公司特别授权的情况下，分公司可以签订合同。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的合规性分析
招投标基本原则：招标活动必须遵循公平、公正、公开的原则。总公司中标后，若直接由分公司签订合同，可能涉及合同主体与招投标文件中的主体不一致的问题，这违背了招投标的基本规则，也可能损害其他投标人的合法权益。
合同主体的合法性：虽然分公司不具有独立法人资格，但其在法律上是可以以自己名义从事民事活动的实体。然而，在招投标法律关系中，中标后签订合同的主体应与投标主体保持一致，即总公司中标后应由总公司签订合同，除非有特别规定或授权。
二、特定条件下的合法性探讨
招标人同意：如果招标人在招投标文件中明确规定或事先说明允许总公司中标后由分公司签订合同，并且在实际操作中获得了招标人的明确同意或认可，那么这种操作可能具有合法性。但这种情况较为特殊，需要招标人明确同意并体现在招投标文件中。
分公司特别授权：如果分公司获得总公司的特别授权，明确授权分公司就该中标项目签订合同，并且这种授权得到了招标人的充分披露和认可，那么分公司签订合同的行为也有可能得到有效处理。但同样，这种情况也需要满足一定的条件，如授权的明确性、招标人的认可等。
三、法律后果与风险防控
合同效力：若总公司中标后直接由分公司签订合同，且未获得招标人同意或分公司未获得总公司特别授权，可能导致合同效力上的瑕疵，甚至引发合同无效或可撤销的风险。
法律责任：在合同无效或可撤销的情况下，相关法律责任可能由签订合同的主体承担。若分公司签订合同且未获得合法授权，分公司可能需要承担一定的法律责任。同时，总公司作为分公司的上级机构，也可能因管理不善或授权不当而承担一定的连带责任。
风险防控建议：为避免法律风险，建议总公司中标后直接由总公司签订合同。若确实需要由分公司签订合同，应确保获得招标人的明确同意或分公司获得总公司的特别授权，并在合同中明确约定相关权利和义务。
四、实际操作中的注意事项
仔细审查招投标文件：在参与招投标活动前，应仔细审查招投标文件中的相关规定和要求，确保对合同签订主体、授权范围等事项有清晰的认识。
及时沟通与确认：若总公司中标后需要由分公司签订合同，应及时与招标人沟通并确认相关事宜，确保获得招标人的明确同意或认可。
完善内部授权机制：总公司应建立完善的内部授权机制，明确分公司可以签订合同的范围和条件，避免因授权不当而引发的法律风险。
总结：总公司中标后一般不可以直接由分公司签订合同，但在特定条件下可能具有合法性。为确保操作的合规性和有效性，建议在实际操作前仔细审查招投标文件、及时与招标人沟通确认并完善内部授权机制。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。