结论：农民的土地在不知情的情况下被纳入永久性基本农田，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，但通常情况下，未经农民同意或未依法进行相关程序，将农民土地纳入永久性基本农田是不合法的。
分析说明：
永久性基本农田的划定程序：
- 根据相关法律法规，永久性基本农田的划定需要遵循严格的程序，包括土地调查、规划、公告、听证等环节。
- 在划定过程中，必须充分保障农民的知情权、参与权和异议权。这意味着，农民应当被及时告知其土地可能被纳入永久性基本农田的情况，并有机会表达自己的意见和诉求。
农民土地权益的保护：
- 农民对其土地享有合法的使用权和收益权，这是受法律保护的。
- 任何未经农民同意或未依法进行补偿的土地征收、划转等行为，都可能构成对农民土地权益的侵犯。
不知情被纳入的情况：
- 如果农民在不知情的情况下，其土地被纳入永久性基本农田，且未经过上述合法的划定程序，那么这一行为很可能是不合法的。
- 农民有权要求相关部门进行解释和说明，并可以依法维护自己的合法权益，如提出异议、申请行政复议或提起行政诉讼等。
法律建议：
- 核实情况：首先，农民应当核实自己的土地是否确实被纳入了永久性基本农田，以及这一纳入行为是否经过了合法的程序。
- 寻求帮助：如果农民认为自己的权益受到了侵犯，可以及时向当地土地管理部门或农业部门反映情况，并寻求他们的帮助和指导。
- 依法维权：在必要时，农民可以咨询专业律师（如我），了解自己的法律权益和维权途径，并依法提起行政复议或行政诉讼等法律程序来维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果农民的土地被非法纳入永久性基本农田，且农民及时采取了法律措施进行维权，那么相关部门可能会撤销这一非法划定行为，并恢复农民的土地权益。
- 如果农民未及时采取措施进行维权，可能会导致其土地权益长期受到侵犯，甚至可能面临土地被征收、流转等风险。
额外提醒：
- 农民在维护自己土地权益的过程中，应当注意保留相关证据，如土地权属证书、划定公告、听证记录等，以便在需要时提供证明。
- 农民也可以积极参与当地土地管理和农业发展的相关活动，了解相关政策法规和动态信息，以便更好地维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。