农民在荒山上开荒的土地是否有使用权，需根据土地性质及是否履行合法程序来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、土地性质决定使用权基础
集体所有土地：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》，农村和城市郊区的土地，除法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有。若荒山属于集体所有，农民开荒前需经过本集体经济组织的同意，通常需通过合法的民主程序，如村民会议三分之二以上成员或代表同意，并在符合集体土地规划和用途管制的前提下进行。
- 合法开荒后，农民可获得一定期限的土地使用权，但土地所有权仍归集体。使用者需与集体经济组织签订承包合同，明确双方权利和义务。
国家所有土地：
- 若荒山属于国家所有，农民或单位需向政府土地管理部门提出申请，经审核批准后，通过出让、划拨等法定方式获得土地使用权。其中，以出让方式取得的，需签订出让合同并缴纳土地出让金。
- 未经批准私自开荒，即使投入了大量劳动和资金，也不能自动取得土地使用权，且可能面临法律责任。
二、合法程序是使用权确认的关键
审批与登记：
- 无论是集体所有还是国家所有的土地，开荒前均需履行合法的审批程序。未经批准的开荒行为，原则上集体经济组织或国家可收回土地。
- 合法开荒后，使用者应向土地管理部门进行登记和备案，以保障使用权的合法性和稳定性。
历史使用情况与政策背景：
- 在长期投入且无纠纷的情况下，即使开荒时未履行完全合法手续，也可能通过补办手续确认使用权。
- 考虑开荒地的历史开垦情况和相关政策背景，这可能影响使用权的归属和确认。例如，某些地区可能对历史开荒地有特殊的政策规定。
三、非法开荒的法律后果
违反土地利用总体规划：
- 若开荒行为违反土地利用总体规划，擅自将农用地改为建设用地，将限期拆除新建建筑物和设施，恢复土地原状；对符合规划的，则没收新建建筑物和设施，并可处以罚款。
破坏生态环境：
- 在禁止开垦区域（如自然保护区、生态公益林区域等）进行开荒，将面临严厉法律后果。根据《中华人民共和国森林法》，毁林开垦等行为将依法赔偿损失，责令停止违法行为，补种树木，并可处以罚款。
未经批准或骗取批准占用土地：
- 未经批准或采取欺骗手段骗取批准而占用土地的，相关部门将责令退还非法占用的土地，并对相关责任人进行处罚；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
四、建议与注意事项
了解土地性质：
- 在开荒前，务必了解荒山的土地性质，是集体所有还是国家所有，以便履行相应的审批程序。
履行合法手续：
- 严格按照法律规定履行审批程序，签订承包合同或出让合同，并办理相关登记和备案手续。
关注政策变化：
- 密切关注当地政府的政策和导向，确保开荒行为符合相关法律法规和政策要求。
保护生态环境：
- 在开荒过程中，注意保护生态环境，避免在禁止开垦区域进行开荒行为。
总结来说，农民在荒山上开荒的土地是否有使用权，取决于土地性质及是否履行了合法程序。在开荒前，务必了解相关法律法规和政策要求，确保开荒行为的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。