针对您提出的“经理和书记共同犯罪怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律程序的复杂问题。首先，需要明确的是，无论经理还是书记，一旦涉及共同犯罪，都将依法受到相应的法律制裁，这一原则是不变的。以下是对此问题的详细解答：
一、管辖机关与调查阶段
普通刑事犯罪：
- 如果经理和书记共同涉及的犯罪属于普通刑事犯罪（如盗窃、诈骗等），那么将由公安机关负责立案侦查。公安机关会通过询问证人、勘查现场、调取监控等手段收集证据，并在调查结束后将案件移送检察机关审查起诉。
职务犯罪：
- 如果涉及的是职务犯罪（如贪污、受贿、滥用职权等），那么将由监察机关负责调查。监察机关会采取谈话、讯问、查询、冻结等措施进行调查，并在调查结束后将案件移送人民检察院依法审查、提起公诉。
二、共同犯罪的处理原则
在共同犯罪中，经理和书记将根据各自在犯罪中所起的作用、犯罪的性质、情节以及对社会的危害程度等因素，被分别追究刑事责任。法院会综合考虑这些因素，对每个人作出公正的判决。
三、主要罪名及可能的处罚
贪污罪：
- 如果涉及贪污，根据贪污的数额和情节，经理和书记可能分别面临三年以下有期徒刑或拘役至无期徒刑的刑罚，并可能被处以罚金或没收财产。
受贿罪：
- 如果涉及受贿，根据受贿的数额和情节，他们可能依法被追究刑事责任，具体刑罚将根据受贿数额及情节确定。
其他职务犯罪：
- 如挪用公款、滥用职权等，也将根据具体罪名和情节依法追究刑事责任。
四、审查起诉与审判阶段
- 审查起诉：检察机关将对移送的案件进行全面审查，确保证据的合法性、真实性和关联性，然后决定是否提起公诉。
- 审判阶段：人民法院将对案件进行审理，保障被告人的诉讼权利，并根据查明的事实、证据和相关法律规定作出有罪或无罪的判决，依法判处相应的刑罚。
五、后续执行与党纪政务处分
- 刑罚执行：根据刑罚种类，经理和书记可能分别在监狱服刑（如有期徒刑）或在社区接受矫正（如管制、缓刑）。
- 党纪政务处分：如果他们是党员或公职人员，除承担刑事责任外，还需接受党纪处分（如警告、开除党籍等）和政务处分（如记过、撤职等）。
六、量刑考虑因素
法院在决定刑罚时，会综合考虑犯罪的事实、性质、情节和对社会的危害程度，包括但不限于贪污的数额、犯罪手段、持续时间、退赃情况、认罪悔罪态度等。
综上所述，经理和书记共同犯罪后，将依法受到严格的法律制裁。无论是刑事责任还是党纪政务处分，都旨在维护法律的权威和公信力，保护公共利益不受侵犯。因此，建议任何涉及犯罪的行为都应及时向法律机关自首，并积极配合调查，以争取从轻或减轻处罚。