工程保函受益人可以写分公司，但需满足一定条件并注意相关法律风险。具体分析如下：

1. 法律层面分析
   根据《民法典》第465条，合同具有相对性，保函作为独立担保合同，其受益人资格需以合同约定为准。若总公司授权分公司作为项目实施主体，且保函条款明确约定分公司为受益人，则该约定合法有效。例如，在建设工程领域，分公司作为实际施工方时，常见以分公司名义接收工程款及担保权益。

2. 实务操作要点

   • 主体资格审查：需确认分公司是否具备独立营业执照及项目授权文件。若分公司无独立资质，可能影响保函效力。
     
   • 银行保函要求：部分银行要求受益人需为法人主体，此时需通过总公司出具授权书，或选择接受分公司作为受益人的银行机构。
     
   • 条款明确性：保函文本中应清晰载明分公司全称、统一社会信用代码及与总公司的关联关系，避免因主体识别错误导致索赔失败。

3. 风险防范建议

   • 总公司担保兜底：在保函中增加总公司连带责任条款，降低因分公司财产不足导致的偿付风险。
     
   • 授权文件留存：要求分公司提供总公司出具的书面授权文件，作为保函附件，明确授权范围及期限。
     
   • 争议解决条款：约定争议管辖法院为总公司所在地，便于后续法律程序推进。

延伸说明：若项目涉及跨境担保，还需遵守外汇管理规定，例如《跨境担保外汇管理规定》中关于内保外贷的登记要求。此时建议委托专业律师审核保函文本及操作流程，确保合规性。

如有具体保函文本或项目背景需进一步分析，可直接向我提供详细信息，我将结合实务经验为您定制解决方案。