结论：企业将厂房出租后按个人名义开发票一般不合法，存在税务和法律风险，但在特定条件下经合法程序处理后可合规操作。以下是具体分析：

1. 直接按个人名义开发票的违法性

根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，收款方应当向付款方开具发票。企业作为厂房的产权方和出租方，属于经营活动的主体，必须以企业名义开具发票。若以个人名义代开发票，可能涉及以下问题：

• 虚开发票风险：若个人与企业无实际租赁关系，或租金金额与实际不符，可能构成《刑法》第二百零五条规定的“虚开发票罪”，面临刑事处罚。
• 税务违规：企业未按规定开具发票，可能导致税务机关追缴税款、滞纳金，并处以罚款（《税收征收管理法》第六十三条）。
• 合同效力风险：租赁合同主体与企业发票开具主体不一致，可能引发合同纠纷，影响租金收取和权益保障。

2. 特殊情况下的合规操作

若企业因客观原因（如税务登记异常、临时急需发票等）需通过个人代开发票，必须满足以下条件：

• 真实交易基础：个人必须与企业存在实际租赁关系，且租金金额、期限等与合同一致。
• 税务代开程序：个人需持租赁合同、身份证明等材料，到税务机关申请代开发票，并缴纳相应税费（如增值税、个人所得税等）。
• 企业补登记或调整：企业应尽快恢复税务登记正常状态，后续租赁业务以企业名义开具发票，避免长期依赖个人代开。

3. 合规建议

• 优先以企业名义开票：企业应完善税务登记，确保租赁收入通过企业账户收取，并依法开具发票。
• 避免个人代开：若必须由个人代开，需严格遵循税务程序，并留存完整交易证据（如合同、付款记录等）。
• 咨询税务机关：操作前可向当地税务局确认具体要求，确保流程合法。

总结：企业出租厂房应尽量以自身名义开具发票，避免个人代开带来的法律风险。若确有特殊需求，需严格依法操作，并保留完整证据链。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。