拆除商务车第三排座椅属于擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征，将面临警告或者二百元以下罚款的处罚，且车辆可能无法通过年检，同时发生事故时保险公司可能拒赔。以下从不同角度详细分析：
行政处罚角度
根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条第一项规定，任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。拆除商务车第三排座椅属于擅自改变车辆结构，公安机关交通管理部门将依据《道路交通安全法》第九十条，对驾驶人处以警告或者二十元以上二百元以下罚款，并责令恢复原状。
车辆年检角度
根据《机动车安全技术检验项目和方法》（GB 38900-2020）规定，车辆外观需与行驶证登记信息一致。拆除座椅会直接导致车辆外观与登记信息不符，无法通过年检。若未恢复原状，车辆将面临强制报废风险。
保险理赔角度
根据《机动车综合商业保险条款》第九条第五项，被保险机动车被改装、加装或改变使用性质等，导致被保险机动车危险程度显著增加，且未及时通知保险人，因危险程度显著增加而发生保险事故的，保险人不承担赔偿责任。拆除座椅可能被认定为改变车辆使用性质，保险公司有权拒赔。
特殊情形说明
若车辆为营运性质（如网约车、租赁车），除上述处罚外，还可能面临交通运输主管部门的额外处罚，包括但不限于停运整顿、罚款等。此外，若拆除座椅用于非法营运（如超员载客），将构成双重违法，处罚力度会更大。
建议：若需临时增加载货空间，可考虑使用合法改装方案（如安装可拆卸货架），但需提前向车管所申请变更登记。如有其他法律疑问，可直接向我咨询。