农村基本农田的占地管理问题，主要由自然资源部门和农业农村部门负责，具体管理职责划分如下：
自然资源部门：
- 核心职责：自然资源部门（原国土资源部门）是农村基本农田保护的主要管理部门，负责基本农田的划定、保护、监督和执法。
- 具体工作：包括基本农田的规划、划定、调整、补划，以及基本农田保护标志的设置和管理。同时，自然资源部门还负责对非法占用基本农田的行为进行查处。
农业农村部门：
- 核心职责：农业农村部门在基本农田管理中主要承担与农业生产相关的职责，如基本农田的质量建设、地力提升、农业结构调整等。
- 具体工作：农业农村部门会参与基本农田的划定工作，确保划定的基本农田符合农业生产要求。同时，农业农村部门还负责指导农民合理利用基本农田，提高农业生产效益。
在涉及农村基本农田占地的具体问题时，还需注意以下几点：
- 非法占地行为：任何单位和个人不得非法占用基本农田，否则将面临严厉的行政处罚，甚至可能构成犯罪。如果发现非法占地行为，应及时向自然资源部门举报。
- 占地审批程序：如果因公共利益需要占用基本农田，必须依法办理审批手续。这通常涉及多个部门的协调，包括自然资源部门、农业农村部门以及可能涉及的规划、环保等部门。
- 农民权益保护：在基本农田占地过程中，应充分保护农民的合法权益。农民有权了解占地用途、补偿标准等信息，并有权对占地行为提出异议或申诉。