货运代理不备案的处罚需根据具体情形判断，主要涉及行政处罚，情节严重可能涉及刑事处罚。以下从不同角度详细说明：

1. 行政处罚层面
   根据《中华人民共和国国际货物运输代理业管理规定》及其实施细则，货运代理企业若未依法向商务主管部门备案，可能面临以下处罚：

   • 责令限期改正：主管部门会要求企业限期补办备案手续，并提交相关材料。
     
   • 罚款：若逾期未改正，可能被处以罚款，具体金额根据地方性法规或部门规章确定（通常为数千元至数万元不等）。
     
   • 停业整顿或吊销资质：情节严重的，主管部门可责令停业整顿，甚至吊销国际货运代理企业经营资格。
     

2. 刑事处罚层面（极端情况）
   若货运代理未备案且存在其他违法行为（如伪造备案文件、虚构业务骗取客户资金等），可能触犯《刑法》中的相关条款：

   • 合同诈骗罪：以非法占有为目的，在签订、履行合同过程中骗取财物，数额较大的，可处三年以下有期徒刑或拘役。
     
   • 非法经营罪：若未备案且未经许可从事需特许经营的业务（如国际快递），可能被认定为非法经营，情节严重的可处五年以下有期徒刑或拘役。
     

3. 其他法律后果

   • 信用惩戒：未备案企业可能被纳入“经营异常名录”或“严重违法失信企业名单”，影响企业信誉及后续经营。
     
   • 合同效力风险：未备案可能导致部分合同因主体资格瑕疵被认定为无效，企业需承担违约责任。
     

建议：若您是货运代理企业，务必及时向商务主管部门办理备案手续，避免法律风险；若已因未备案被处罚，可进一步向我咨询具体应对措施（如行政复议、听证程序等）。