结论：合同中约定盖公章生效，但实际盖了合同章，一般情况下合同仍然有效，但具体效力需结合合同内容、双方行为及法律规定综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合同生效的一般原则
根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时即具有法律效力。合同成立的要件通常包括双方当事人的签名、盖章或按指印。在合同中明确约定盖公章生效的情况下，若实际加盖的是合同章，这并不必然导致合同无效。因为合同章同样具有证明合同双方身份和确认合同内容的作用，只要合同章是真实有效的，且加盖行为是双方真实意思的表示，合同仍然可以成立并生效。
二、合同章与公章的法律效力
公章的法律效力：公章是单位对外作出意思表示的重要凭证，具有最高的法律效力。在合同上加盖公章，通常被视为单位对合同内容的确认和接受，对单位具有法律约束力。
合同章的法律效力：合同章是专门用于签订合同的印章，其法律效力与公章在合同签订方面具有相似性。虽然合同章的法律效力可能略低于公章，但在合同签订过程中，只要合同章是真实有效的，且加盖行为符合双方约定或法律规定，合同仍然可以成立并生效。
三、特殊情形下的合同生效
合同约定：如果合同中明确约定了必须加盖公章才生效，而实际加盖的是合同章，这可能构成对合同生效条件的违反。然而，在这种情况下，如果双方当事人对合同内容无异议，且已经实际履行了合同义务，法院或仲裁机构可能会根据实际情况认定合同已经生效。
法律规定：根据《民法典》的相关规定，如果合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方当事人具有相应的民事行为能力，意思表示真实，那么合同即使加盖的是合同章，也可以视为有效。
四、法律建议
审查合同条款：在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，明确合同生效的条件和方式。如果合同中约定了必须加盖公章才生效，那么应确保在签订合同时加盖公章，以避免可能的法律纠纷。
保留证据：在合同签订和履行过程中，双方应保留好相关证据，如合同文本、加盖印章的复印件、履行合同的凭证等。这些证据在发生法律纠纷时将起到至关重要的作用。
及时咨询：如果双方对合同生效条件或方式存在争议，或者在实际履行过程中遇到问题，应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律建议和帮助。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，合同中约定“本合同自双方加盖公章之日起生效”。然而，在签订合同时，甲方加盖的是合同章而非公章。如果双方对合同内容无异议，且已经实际履行了合同义务（如甲方交付了货物，乙方支付了货款），那么在这种情况下，法院或仲裁机构可能会根据实际情况认定合同已经生效。因为双方的行为已经表明了对合同内容的接受和确认，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定。
总结：合同中约定盖公章生效但实际盖了合同章，并不必然导致合同无效。在判断合同效力时，应综合考虑合同内容、双方行为及法律规定等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。