结论：摩托车闯红灯发生事故且被认定负全责时，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于保险类型、条款约定及是否存在免责情形。以下是具体分析：

1. 交强险的赔偿范围与限制

• 基础赔偿义务：根据《机动车交通事故责任强制保险条例》，交强险（机动车第三者责任强制保险）的赔偿以“无过错责任”为原则，即无论被保险人是否有责任，保险公司均需在限额内赔偿第三方人身伤亡和财产损失。
  • 赔偿限额：目前交强险总责任限额为20万元（其中死亡伤残18万元、医疗费用1.8万元、财产损失0.2万元）。
• 免责情形：若事故存在故意制造交通事故（如酒驾、毒驾、逃逸等）或被保险人财产损失（如摩托车自身损坏），交强险不赔。但闯红灯本身不属于交强险的法定免责事由。
• 结论：即使摩托车全责，交强险仍需在限额内赔偿第三方损失，但赔偿后保险公司可向致害人（车主/驾驶人）追偿（如存在故意或重大过失）。

2. 商业险的赔偿条件与免责条款

• 合同约定优先：商业险（如第三者责任险、车损险）的赔偿以保险合同条款为准。若条款明确约定“被保险人违反交通法规导致事故，保险公司免责”，则可能拒赔。
• 常见免责情形：
  • 故意行为：如酒驾、毒驾、无证驾驶等；
  • 逃逸或破坏现场；
  • 违反法律强制性规定：部分商业险条款会将“闯红灯”等严重违章行为列为免责事由，但需以具体条款为准。
• 结论：若商业险条款未将闯红灯列为免责事由，且无其他免责情形（如逃逸），保险公司仍需赔偿；若条款明确免责，则可能拒赔。

3. 保险公司拒赔的应对建议

• 核查保险合同：要求保险公司出具拒赔通知书，并核对条款中是否有明确免责约定；
• 证据固定：保留事故认定书、保险单、现场照片等证据，证明事故责任及保险关系；
• 协商或诉讼：若对拒赔有异议，可向当地银保监会投诉或直接向法院起诉，由法院根据合同条款和法律规定裁决。

4. 特殊情形提示

• 摩托车自身损失：若车主投保了车损险，且事故非故意造成，保险公司通常需赔偿车辆维修费用（需扣除免赔额）；
• 第三方损失超限额：若交强险赔偿不足，剩余部分需由车主自行承担（除非商业险覆盖）。

总结：摩托车闯红灯全责时，交强险一般需赔偿第三方损失（但可能追偿），商业险是否赔偿需结合条款约定。建议车主在购买保险时仔细阅读条款，并在事故后及时咨询专业律师或保险顾问，避免权益受损。如有进一步疑问，可直接向我提问。