结论概述：在质疑招标文件满7天但招标公司收到质疑文件超7天的情况下，处理方式需依据相关法律法规及招标文件的具体规定来确定。一般来说，若招标文件有明确规定且符合法律法规，则按招标文件执行；若无明确规定或规定与法律法规相悖，则需依据法律法规的公平、公正原则来处理。

详细分析：

1. 招标文件的规定：

   • 首先，应仔细审查招标文件，特别是关于质疑期限和提交方式的规定。如果招标文件明确规定了质疑的提交期限（如7天内），并且也明确了提交方式（如邮寄、电子邮件等）以及接收确认的流程，那么应严格按照招标文件的规定来执行。
   • 若招标文件规定，质疑文件需在特定时间内到达招标公司，且招标公司有明确的接收记录，那么超期提交的质疑文件可能被视为无效。

2. 法律法规的考量：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及其相关实施条例，招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。如果招标文件的规定与这些原则相悖，或者没有明确规定质疑文件的接收时间，那么应依据法律法规的公平、公正原则来处理。
   • 在实际操作中，如果招标公司因自身原因（如邮寄延误、系统故障等）导致质疑文件接收超期，且这一延误并非由质疑人造成，那么招标公司应考虑接受并处理该质疑文件，以维护招标活动的公平性和公正性。

3. 实际操作建议：

   • 质疑人方面：如果质疑人发现质疑文件提交可能超期，应立即与招标公司沟通，说明情况并寻求解决方案。同时，保留好提交质疑文件的相关证据（如邮寄凭证、电子邮件发送记录等），以备不时之需。
   • 招标公司方面：招标公司应建立完善的质疑接收和处理机制，确保质疑文件能够及时、准确地被接收和处理。如果因自身原因导致质疑文件接收超期，应主动与质疑人沟通，说明情况并协商解决方案。在必要时，可以组织专家对质疑文件进行评审，以确保招标活动的公平性和公正性。

4. 可能的法律后果：

   • 如果招标公司拒绝接受超期提交的质疑文件，且这一拒绝行为被认定为违反法律法规或招标文件的规定，那么质疑人可能有权向相关部门投诉或提起诉讼，要求招标公司承担相应的法律责任。
   • 反之，如果质疑人未能按照招标文件的规定提交质疑文件，且这一行为被认定为违反招标程序，那么质疑人可能失去对招标结果的质疑权。

总结与建议：在处理质疑招标文件满7天但招标公司收到质疑文件超7天的情况时，应首先审查招标文件的规定和法律法规的要求，然后根据实际情况采取相应的措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你提供的具体情况，给出更详细的法律建议。