结论前置：
- 诉讼时效届满后，若义务人（被告）提出诉讼时效抗辩，法院会判决驳回原告的诉讼请求。
- 但如果义务人未提出抗辩或已自愿履行义务，法院则不会主动适用诉讼时效规定进行裁判。
详细分析：
一、诉讼时效届满的法律效果
诉讼时效届满后，权利人（原告）并未丧失其实体权利，即基于基础法律关系（如合同、侵权等）产生的权利在客观上仍然存在。然而，权利人丧失了胜诉权，这意味着在诉讼中，若义务人提出诉讼时效抗辩，且无法定事由（如诉讼时效中止、中断、延长等）导致时效未届满，法院将判决驳回原告的诉讼请求。
举例说明：
假设甲与乙签订了一份借款合同，约定借款期限为一年。借款到期后，乙未还款。甲在借款到期后三年才向法院提起诉讼，要求乙还款。此时，若乙提出诉讼时效抗辩，且甲无法证明存在诉讼时效中止、中断或延长的情形，法院将判决驳回甲的诉讼请求。
二、法院驳回诉讼请求的合法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百九十二条，诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。若义务人同意履行或已经自愿履行，则不得以诉讼时效期间届满为由进行抗辩或请求返还。
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百一十九条，当事人超过诉讼时效期间起诉的，人民法院应予受理。受理后对方当事人提出诉讼时效抗辩，人民法院经审理认为抗辩事由成立的，判决驳回原告的诉讼请求。
审判程序与实体要求：
- 法院在受理案件后，会对案件进行全面审查，包括对诉讼时效的审查。若义务人提出诉讼时效抗辩，且法院查证属实，将依据上述法律规定判决驳回原告的诉讼请求。
- 这一过程体现了诉讼时效制度督促权利人及时行使权利的目的，也符合法律规定的审判程序和实体要求。
三、例外情况与特殊处理
义务人自愿履行：
- 诉讼时效届满后，若义务人自愿履行债务，权利人有权接受，且义务人不得以诉讼时效届满为由请求返还。这体现了对义务人处分自由的尊重。
诉讼时效的重新确认：
- 若义务人在诉讼时效届满后以书面等形式向权利人表示同意履行义务，将导致诉讼时效重新计算。这表明义务人放弃了诉讼时效抗辩权，愿意继续受法律约束。
法院不主动适用诉讼时效：
- 诉讼时效抗辩权是义务人的一项私权利，法院不能主动代替义务人行使该权利。若义务人未提出诉讼时效抗辩，法院不得主动适用诉讼时效规定进行裁判。这体现了“不告不理”原则和当事人意思自治原则。
四、实际操作中的建议
及时行使权利：
- 权利人应及时行使权利，避免诉讼时效届满导致的不利后果。在借款、合同等法律关系中，应密切关注还款期限、履行期限等关键时间节点。
保留证据：
- 在诉讼过程中，权利人应保留好相关证据，如借款合同、还款记录、催款通知等，以证明存在诉讼时效中止、中断或延长的情形。
了解法律后果：
- 明确诉讼时效届满后的法律后果，有助于权利人在面临诉讼时做出合理的应对策略。若义务人提出诉讼时效抗辩，权利人应评估自身证据情况，考虑是否继续诉讼或寻求其他解决途径。
总结：诉讼时效届满后，若义务人提出抗辩且法院查证属实，法院将判决驳回原告的诉讼请求。然而，也存在义务人自愿履行、诉讼时效重新确认等例外情况。因此，在实际操作中，权利人应及时行使权利、保留证据并了解法律后果，以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。