民办非营利性医疗机构选择停业后，其清算流程需严格遵循相关法律法规及机构章程的规定，核心结论如下：

1. 成立清算组
   根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》及《医疗机构管理条例》的相关规定，民办非营利性医疗机构在决定停业后，应首先成立清算组。清算组通常由医疗机构的举办者、管理层、财务人员及可能的外部专业人士（如会计师、律师）组成，负责全面清理医疗机构的财产、债权债务等事项。

2. 通知与公告债权人
   清算组成立后，应立即通知已知的债权人，并在指定的媒体或平台上发布清算公告，公告期一般不少于45日，以确保所有潜在债权人能够知晓并申报债权。

3. 清理财产与编制资产负债表
   清算组需对医疗机构的财产进行全面清理，包括固定资产、流动资产、无形资产等，并编制资产负债表和财产清单。这一过程中，需确保所有财产的真实性和完整性，防止资产流失。

4. 处理债权债务
   清算组应根据债权人的申报和核查结果，按照法定顺序清偿债务。通常，清算费用、职工工资和社保费用等具有优先权，随后是税款和其他普通债务。若医疗机构财产不足以清偿全部债务，需按照法定程序进行破产清算（如适用）。

5. 剩余财产处理
   在清偿完所有债务后，若医疗机构仍有剩余财产，根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》的规定，剩余财产应继续用于其他非营利性社会公益事业，或按照举办者的约定进行处理，但不得分配给举办者、出资人或任何其他个人。

6. 办理注销登记
   清算结束后，清算组需编制清算报告，并提交给业务主管单位审查同意。随后，向登记管理机关申请注销登记，并提交相关文件，包括清算报告、业务主管单位的审查文件等。登记管理机关核准注销登记后，民办非营利性医疗机构的法人资格即告终止。

额外提醒：

• 在整个清算过程中，应确保所有操作符合法律法规的要求，避免违法违规行为导致的法律责任。
  
• 若医疗机构涉及复杂的债权债务关系或资产处置问题，建议寻求专业律师或会计师的协助，以确保清算工作的顺利进行。
  
• 清算期间，医疗机构不得开展与清算无关的经营活动，以确保清算工作的专注性和有效性。

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