案件显示已归档但被告方已提出上诉，这并不矛盾，主要可能有以下几种情况：
归档与上诉程序并行不悖：
- 在司法实践中，案件的归档通常指的是法院对案件材料进行整理、装订并存档的过程，这是案件管理的一个常规环节。归档并不意味着案件已经最终审结，也不妨碍当事人提出上诉。
- 被告方提出上诉后，案件会进入上诉程序，由上级法院进行审理。在这个过程中，原审法院可能会先将案件材料归档，以等待上级法院的进一步指示或判决。
系统显示或操作上的延迟：
- 有时候，法院的案件管理系统可能存在显示上的延迟或更新不及时的情况。即使被告方已经提出了上诉，系统可能仍然显示案件为已归档状态，直到系统更新或人工干预后才会显示正确的案件状态。
- 这种情况下，建议当事人或代理人及时与法院联系，确认案件的实际状态，以免因系统显示问题而产生误解。
上诉材料尚未完全接收或处理：
- 被告方提出上诉后，需要按照规定的程序和期限提交上诉材料。如果上诉材料尚未完全提交或法院尚未完成对上诉材料的接收和处理，案件在系统上可能仍然显示为已归档状态。
- 这种情况下，当事人或代理人应关注上诉材料的提交情况，并及时与法院沟通，确保上诉程序能够顺利进行。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 及时与法院沟通：如果您对案件状态有疑问，建议直接联系原审法院或上级法院，了解案件的实际状态和上诉程序的进展情况。
- 关注上诉期限：确保被告方在规定的期限内提交了上诉材料，并关注上诉期限的截止日期，以免因错过期限而丧失上诉权利。
- 准备上诉材料：如果您是被告方或代表被告方，应积极准备上诉材料，包括上诉状、证据材料等，并按照规定的程序和期限提交给法院。
最后，需要强调的是，案件状态的变化是司法程序中的正常现象。即使案件显示已归档，也不意味着案件已经最终审结。当事人或代理人应保持关注，及时与法院沟通，确保案件能够按照法定程序顺利进行。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。