结论：资方在合同中注明逾期后由资方发支付令，这一约定本身存在法律障碍，通常不具备直接执行力，但可通过约定仲裁条款或诉讼管辖条款等合法方式保障资方权益。以下从支付令的法定条件、合同约定的效力、合法替代方案三个角度展开分析：

1. 支付令的法定条件与合同约定的冲突

根据《民事诉讼法》第221条，申请支付令需满足以下条件：

• 债权债务关系明确：双方对本金、利息、期限等无争议；
• 支付令可送达债务人：需能直接送达债务人，若债务人下落不明或拒收，支付令将失效；
• 无其他债务纠纷：债务人未对债权提出书面异议。

合同约定的局限性：
即使合同中约定“逾期后资方有权发支付令”，该条款仅能视为双方对逾期后果的意思表示，但支付令的申请仍需满足上述法定条件。若债务人提出异议（如对利息计算、还款期限等有争议），支付令将自动失效，资方仍需通过诉讼或仲裁解决纠纷。因此，合同约定无法突破支付令的法定限制。

2. 合同条款的效力分析

• 程序性条款的效力：合同中约定“逾期后资方发支付令”属于对争议解决方式的约定，但支付令并非合同约定的争议解决程序（如仲裁、诉讼），而是法定督促程序。此类条款可能因违反法律强制性规定（如《民事诉讼法》对支付令申请主体的限制）而被认定为无效。
• 实体性条款的效力：若合同同时约定了逾期违约金、利息计算方式等实体内容，且债务人未提出异议，则这些条款本身有效，但支付令的申请仍需独立满足法定条件。

3. 合法替代方案：通过合同设计保障资方权益

为规避支付令的局限性，资方可在合同中约定以下条款，以更高效地实现债权：

• 仲裁条款：约定“因本合同产生的争议，提交XX仲裁委员会仲裁”。仲裁裁决具有强制执行力，且一裁终局，效率高于诉讼。
• 诉讼管辖条款：约定“因本合同产生的诉讼，由资方所在地法院管辖”，降低资方维权成本。
• 加速到期条款：约定“若债务人逾期还款，资方有权宣布全部债务立即到期”，提前固定债权。
• 担保条款：要求债务人提供抵押、质押或保证人，增强债权实现保障。

4. 实务建议

• 避免单一依赖支付令：支付令虽快捷，但易因债务人异议而失效，建议结合其他争议解决方式。
• 完善合同条款：在合同中明确约定逾期违约金、利息计算方式、争议解决方式等，减少债务人提出异议的空间。
• 及时固定证据：资方应保存好合同、转账记录、催款通知等证据，以备支付令申请或诉讼之需。

总结：合同中约定“逾期后资方发支付令”无法直接实现资方目的，但可通过合法设计仲裁条款、诉讼管辖条款等替代方案保障权益。如有具体合同条款或案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。