运输公司破产时，挂靠车辆的处理需根据车辆所有权归属、挂靠协议约定及破产程序具体规定综合判断，核心结论如下：

1. 若车辆所有权归车主个人所有（常见情况）

   • 车辆不纳入破产财产：根据《企业破产法》第30条，破产财产仅包括债务人（运输公司）所有的财产。若车辆登记在车主名下（或能证明实际所有权归车主），则车辆不属于破产财产，破产管理人无权处置。
     
   • 挂靠协议终止：运输公司破产导致挂靠关系无法继续履行，车主可依据《民法典》第563条（合同法定解除权）要求解除挂靠协议，并要求运输公司配合办理车辆过户、年检等手续。若运输公司拒不配合，车主可向法院起诉确认车辆所有权并强制过户。
     
   • 债务隔离：若车主未以车辆为运输公司债务提供担保（如抵押、质押），则无需用车辆偿还运输公司债务；但若车主曾签署担保协议，则可能面临车辆被执行的风险。
     

2. 若车辆所有权归运输公司所有（少数情况）

   • 车辆纳入破产财产：运输公司作为所有权人，车辆将由破产管理人依法处置（如拍卖、变卖），所得款项用于清偿债务。车主作为挂靠方，仅享有优先购买权（需在破产程序中申报），但无权阻止车辆被处置。
     
   • 挂靠费用追偿：若车主已支付挂靠费、管理费等，可依据《企业破产法》第53条向管理人申报债权，按破产程序参与分配；但若运输公司已资不抵债，车主可能无法全额受偿。
     

3. 特殊情形：车辆存在融资租赁或贷款

   • 融资租赁车辆：若车辆系车主通过融资租赁方式取得（租赁期满后所有权转移至车主），需根据租赁合同约定判断所有权归属。若租赁期未满，车辆可能仍属出租方所有，车主需与出租方协商处理。
     
   • 贷款购车：若车辆系车主贷款购买且抵押给银行，即使运输公司破产，银行仍可依据抵押权处置车辆。车主需优先偿还贷款，否则可能面临车辆被拍卖的风险。
     

行动建议：

• 立即核查车辆权属：查看车辆登记证书、购车合同、挂靠协议等文件，明确所有权归属。
  
• 联系破产管理人：向运输公司破产管理人申报债权（如挂靠费、保证金等），并要求确认车辆处置方案。
  
• 协商或诉讼：若运输公司拒不配合过户或存在其他纠纷，可向法院起诉主张权利；若车辆被非法处置，可报警或提起侵权之诉。
  

如有进一步疑问（如具体协议条款解读、破产程序细节），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供更详细的解决方案。