当合同审核部门出具否定性意见时，可按以下步骤处理，以确保合同合法合规并降低潜在风险：

1. 全面分析否定性意见的依据
   首先需明确审核部门提出否定意见的具体原因，包括但不限于：

   • 法律合规性：合同条款是否违反法律法规（如强制性规定、行业监管要求）；
     
   • 条款完整性：是否存在权利义务不明确、违约责任缺失等漏洞；
     
   • 风险可控性：合同履行中可能引发的纠纷（如付款方式、争议解决机制）；
     
   • 主体资格：合同相对方是否具备签约资质（如营业执照、授权文件）。
     建议：要求审核部门出具书面意见，并附相关法律条文或案例依据，便于针对性修改。

2. 分类处理否定性意见
   根据否定意见的性质，采取不同策略：

   • 原则性否定（如违法）：
     必须修改合同条款，例如合同标的涉及禁止流通物，或条款违反《民法典》第153条“违背公序良俗”的规定。
     
   • 操作性否定（如条款模糊）：
     可通过补充细节完善条款，例如明确付款时间节点、违约赔偿计算方式等。
     
   • 风险性否定（如履行成本过高）：
     需评估商业利益与法律风险的平衡，例如通过增加担保条款或分阶段履行降低风险。
     

3. 与审核部门及业务方沟通

   • 内部协调：组织合同起草方、业务部门与审核部门召开会议，明确否定意见的修改方向，避免因信息不对称导致反复修改。
     
   • 外部协商：若否定意见涉及相对方利益（如付款方式调整），需与对方沟通并争取达成一致，必要时可签署补充协议。
     

4. 重新提交审核与备案
   修改后的合同需再次提交审核部门确认，确保所有否定性意见已解决。若涉及重大合同，建议同步留存修改记录及审核意见，以备后续争议时作为证据。

5. 特殊情形处理

   • 紧急签约需求：若因时间紧迫无法完全修改，可考虑通过“附条件生效”条款（如“本合同自XX条件成就后生效”）或“补充协议”形式暂缓部分条款的效力。
     
   • 审核部门误判：若认为否定意见缺乏法律依据，可要求审核部门提供更详细的解释，或引入第三方法律机构出具意见书。
     

提示：合同审核的否定性意见本质是风险预警，处理时需兼顾法律严谨性与商业灵活性。如有复杂情形，可直接向我咨询具体方案。