合作结束后，合同的处理方式需根据合同类型、履行情况及双方约定综合判断，具体处理方式如下：

1. 合同终止后的常规处理

   • 权利义务清算：双方应按照合同约定完成未履行的义务（如交付货物、支付尾款等），并结算已履行部分的款项。若合同未明确约定，可依据《民法典》第五百五十七条，通过协商或补充协议确定清算方式。
     
   • 保密与竞业限制：若合同中包含保密条款或竞业限制条款，即使合作终止，相关义务仍需继续履行。例如，技术合作合同中的商业秘密保护条款，通常在合同终止后仍有效，期限由合同约定或法律规定。
     
   • 资料返还：涉及知识产权或专有技术的合同，终止后一方需返还对方提供的技术资料、图纸等，并销毁副本，避免侵权风险。

2. 合同解除的特殊处理

   • 法定解除情形：若因一方违约导致合同解除（如未按时付款、交付不合格产品），守约方有权要求违约方赔偿损失（《民法典》第五百六十六条）。例如，采购合同中卖方逾期交货，买方可解除合同并要求赔偿差价损失。
     
   • 协商解除：双方可签订解除协议，明确终止时间、费用结算、责任划分等事项。建议以书面形式固定，避免口头协议引发纠纷。
     

3. 合同终止后的争议预防

   • 书面确认终止：无论因何种原因终止合同，均建议双方签署终止协议，明确“合同权利义务终止，无其他争议”等条款，防止后续纠纷。
     
   • 通知义务：若合同涉及第三方（如担保人、许可方），需按约定通知相关方，避免因未通知导致担保责任延续或许可失效。
     

提示：合同处理需结合具体条款和行业惯例，若涉及复杂交易（如股权合作、技术许可），建议提供合同文本或关键条款，以便进一步分析风险点。