特殊工种退休工龄折算不予认可是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：
一、合法情形
符合国家和地方政策规定：
- 如果特殊工种退休工龄折算的规定在国家和地方政策中有明确规定，且用人单位或社保部门在执行时严格遵循了这些规定，那么不予认可某些工龄折算可能是合法的。例如，某些特殊工种可能因工作性质、工作环境等因素，其工龄折算有特定的计算方法或限制条件，如果这些条件得到满足，那么不予认可其他不符合规定的工龄折算就是合法的。
证据充分且程序正当：
- 在处理特殊工种退休工龄折算问题时，用人单位或社保部门需要依据充分的证据来进行判断。如果劳动者提供的证明其特殊工种工龄的材料不充分、不真实或存在瑕疵，且经过正当程序核实后无法确认其工龄，那么不予认可其工龄折算也是合法的。
二、不合法情形
违反国家和地方政策规定：
- 如果用人单位或社保部门在处理特殊工种退休工龄折算问题时，违反了国家和地方政策规定，如擅自改变工龄折算方法、忽略特定工种的工龄折算规定等，那么不予认可工龄折算就是不合法的。这种情况下，劳动者有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
证据不足或程序违法：
- 如果用人单位或社保部门在处理工龄折算问题时，没有充分收集证据或证据收集程序违法，导致无法准确判断劳动者的特殊工种工龄，那么不予认可工龄折算也可能构成违法。例如，未按照规定程序进行工龄核实、未给予劳动者充分的陈述和申辩机会等。
三、法律建议
了解政策规定：
- 劳动者在面临特殊工种退休工龄折算问题时，应首先了解国家和地方的相关政策规定，明确自己的权益和义务。
收集并保留证据：
- 劳动者应积极收集并保留能够证明自己特殊工种工龄的相关证据，如工作记录、工资单、劳动合同等。这些证据在后续处理工龄折算问题时将起到关键作用。
寻求法律援助：
- 如果劳动者认为自己的特殊工种退休工龄折算被不予认可是不合法的，可以寻求法律援助或向相关部门投诉。在投诉或寻求法律援助时，劳动者应提供充分的证据来支持自己的主张。
关注程序正当性：
- 在处理工龄折算问题时，劳动者应关注用人单位或社保部门的程序是否正当。如果发现程序违法或存在瑕疵，可以及时提出异议并要求纠正。
举例说明：假设某劳动者在某特殊工种岗位工作了多年，但用人单位在为其办理退休手续时，未按照政策规定对其工龄进行折算。劳动者认为这一做法不合法，于是收集了工作记录、工资单等证据，并向当地社保部门投诉。社保部门在核实证据后，发现用人单位确实存在违法行为，于是责令用人单位重新为劳动者办理退休手续，并按照规定对其工龄进行折算。
总结来说，特殊工种退休工龄折算不予认可是否合法，需根据具体情况判断。劳动者在面临这一问题时，应了解政策规定、收集并保留证据、寻求法律援助并关注程序正当性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。