疑难复杂专业案件，通常指的是那些在法律适用、事实认定或证据收集等方面存在较大难度，需要专业知识和深入分析才能妥善处理的案件。这类案件往往涉及复杂的法律关系、专业技术知识或社会影响广泛，因此其处理过程也更为复杂和耗时。
具体来说，疑难复杂专业案件可能包括但不限于以下案由：
重大涉外案件：这类案件涉及不同国家的法律适用和司法管辖，需要处理国际法律冲突和合作问题，因此具有较高的复杂性。
危害国家安全案件：这类案件直接关系到国家的安全和稳定，涉及国家秘密和敏感信息，处理过程中需要严格遵守国家安全法律法规，确保案件处理的合法性和安全性。
恐怖活动案件：恐怖活动案件具有高度的社会危害性和敏感性，涉及反恐法律、国际合作等多个方面，处理过程中需要综合考虑多种因素，确保案件处理的公正性和有效性。
可能判处无期徒刑、死刑或涉及巨额民事诉讼的案件：这类案件涉及严重的刑事犯罪或巨大的经济利益，对当事人的生命财产安全具有重大影响，因此需要更加谨慎和专业的处理。
涉及多门学科或需要实验室特殊检验的鉴定案件：这类案件往往需要运用多个学科的知识和技术手段进行鉴定和分析，如法医学、毒理学、环境科学等，因此具有较高的专业性和复杂性。
涉及特殊检材样品检验的案件：特殊检材样品可能包括稀有物质、特殊生物样本等，其检验和分析需要特定的技术手段和专业知识，因此也属于疑难复杂专业案件的范畴。
案发时间较长或鉴定意见书出具后争议较大的案件：这类案件可能由于时间久远导致证据灭失或难以收集，或者由于鉴定意见存在争议而需要进一步深入分析和论证，因此处理起来也较为复杂。
经与委托人协商，共同认定为疑难、复杂和有重大社会影响的案件：除了上述明确列出的案由外，还有一些案件可能由于特定情况或社会影响而被委托人和鉴定机构共同认定为疑难复杂专业案件。
在处理这类案件时，司法鉴定机构通常会与委托人在《司法鉴定委托书》中明确疑难、复杂和有重大社会影响的司法鉴定服务的认定情形、鉴定费用金额和收取方式。同时，承担这类案件的鉴定人中应当至少有一名具有相关专业的高级专业技术职称（相关专业无高级专业技术职称评定的除外），以确保案件处理的准确性和专业性。