结论：耕地种树主要涉及的是自然资源规划（自规）方面的规定，而非直接由农业部门管理，但具体还需结合当地政策及土地性质来判断。

分析：

1. 自然资源规划（自规）角度：

   • 耕地，特别是基本农田，是受到严格保护的土地资源。根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，任何单位和个人不得擅自改变土地用途，包括将耕地转为林地、草地等其他农用地。
   • 如果未经批准在耕地上种树，这可能构成对土地用途的改变，违反了土地管理法规，需要接受自然资源规划部门的监管和处罚。

2. 农业部门角度：

   • 农业部门主要负责农业生产的指导、管理和服务，包括农作物种植、畜牧业、渔业等。
   • 虽然种树本身不属于传统意义上的农业生产活动，但在某些情况下，如退耕还林、生态农业等项目中，农业部门可能会参与或提供指导。然而，这并不意味着农业部门直接管理耕地种树的行为，而是更多地从农业可持续发展的角度提供建议和支持。

3. 当地政策及土地性质：

   • 不同地区可能根据当地的实际情况和土地利用规划，制定了不同的政策来管理耕地种树的行为。
   • 例如，某些地区可能鼓励在适宜的耕地上种植经济林木，以促进农业多元化和农民增收，但这通常需要经过相关部门的批准和监管。
   • 此外，土地的性质（如是否为基本农田）也会影响对耕地种树行为的判断和管理。

建议：

• 如果您计划在耕地上种树，建议先咨询当地的自然资源规划部门或农业部门，了解相关政策和规定，确保您的行为符合法律法规的要求。
• 如果您已经未经批准在耕地上种树，建议尽快与相关部门沟通，了解可能的处罚和补救措施，以避免进一步的法律风险。

后续行动：

• 在进行任何土地利用活动之前，务必了解并遵守当地的法律法规和政策要求。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。