结论：建设单位和总包之间的结算款项已付清且不存在应付未付款项时，建设单位在一般情况下不应再承担直接的经济责任，但具体是否承担责任还需根据合同条款、法律规定以及实际履行情况等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
合同条款角度：
- 合同履行情况：首先，需要审查建设单位与总包之间签订的合同，确认合同中关于结算、付款以及违约责任等条款的具体约定。如果合同中明确规定了结算款项的支付方式和时间，且建设单位已经按照合同约定付清了所有款项，那么从合同履行的角度来看，建设单位已经完成了其合同义务，不应再承担额外的经济责任。
- 违约责任条款：同时，还需要关注合同中是否有关于违约责任的特别约定。如果合同中规定了即使款项付清，但在某些特定情况下（如工程质量问题、工期延误等）建设单位仍需承担一定责任，那么就需要根据这些条款来具体判断建设单位是否应承担责任。
法律规定角度：
- 一般原则：在一般情况下，如果建设单位已经按照合同约定付清了所有结算款项，且不存在其他违法行为或违约行为，那么根据合同法的相关规定，建设单位不应再承担额外的经济责任。
- 例外情况：然而，也存在一些例外情况。例如，如果建设单位在付款过程中存在欺诈、胁迫等违法行为，或者总包能够证明建设单位存在其他应承担责任的情形（如未按照约定提供施工条件、未及时审批工程变更等），那么建设单位可能仍需承担一定的法律责任。
实际履行情况角度：
- 工程质量和工期：除了合同条款和法律规定外，还需要考虑工程的实际履行情况。如果工程存在质量问题或工期延误等情况，且这些情况与建设单位的付款行为无直接关联，但根据合同或法律规定建设单位需承担一定责任（如保修责任、工期延误的赔偿责任等），那么建设单位仍需根据实际情况承担相应的责任。
- 其他因素：此外，还需要考虑是否存在其他影响责任承担的因素，如不可抗力、第三方原因等。这些因素可能导致建设单位虽然已经付清了款项，但仍需根据具体情况承担一定的责任或免除部分责任。
建议：
- 对于建设单位而言，在付清结算款项后，应妥善保管好相关付款凭证和合同文件，以备不时之需。
- 如果总包提出异议或要求建设单位承担额外责任，建设单位应及时与总包进行沟通协商，并根据合同条款和法律规定来维护自己的合法权益。
- 在必要时，建设单位可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径来解决争议和纠纷。
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