结论：破产企业分支机构未被纳入破产清算时，在一定条件下可以作为被告起诉。具体分析如下：
一、法律依据与理论背景
根据《中华人民共和国企业破产法》及相关法律规定，企业进入破产程序后，其法人资格并未立即消灭，而是持续至破产程序终结并办理注销登记。这意味着，在破产清算期间，企业仍具有独立的民事主体身份，可以参与诉讼活动，包括作为被告。对于分支机构而言，虽然其本身不具备独立的法人资格，但若其未被纳入破产清算程序，且存在独立的财产或责任能力，理论上仍可能成为诉讼的被告。
二、具体情形分析
分支机构具有独立财产或责任能力：
- 若分支机构拥有独立的财产，或者能够独立承担民事责任（如因侵权行为产生的赔偿责任），且未被纳入破产清算程序，那么该分支机构在涉及法律纠纷时，可以作为被告参与诉讼。
- 例如，分支机构因合同违约被起诉，且其财产足以承担违约责任，此时分支机构可以作为被告。
分支机构未被纳入破产清算程序的原因：
- 分支机构可能因未被及时申报、未被认定为破产财产范围，或因其他法律原因未被纳入破产清算程序。
- 在这种情况下，分支机构仍保持其原有的民事主体身份，可以参与诉讼活动。
诉讼程序中的特殊考虑：
- 若分支机构作为被告参与诉讼，且其财产不足以承担全部责任，法院可能会考虑将总机构或其他相关主体追加为共同被告或第三人，以确保诉讼的公正性和效率。
- 此外，若分支机构的行为涉及总机构的授权或指示，总机构也可能在诉讼中承担一定的责任。
三、实际操作与建议
确认分支机构的法律地位：
- 在起诉前，应确认分支机构是否具有独立的民事主体身份，以及是否拥有独立的财产或责任能力。
- 若分支机构未被纳入破产清算程序，且符合上述条件，那么它可以作为被告参与诉讼。
收集证据与准备诉讼材料：
- 起诉前应充分收集与案件相关的证据，包括合同、交易记录、侵权行为证明等。
- 同时，应准备详细的诉讼材料，包括起诉状、证据清单等，以确保诉讼的顺利进行。
考虑追加被告或第三人：
- 若分支机构的财产不足以承担全部责任，或其行为涉及总机构的授权或指示，应考虑在诉讼中追加总机构或其他相关主体为共同被告或第三人。
寻求专业法律帮助：
- 在处理涉及破产企业分支机构的诉讼时，建议寻求专业律师的帮助，以确保诉讼策略的合理性和有效性。
总结与启示：破产企业分支机构未被纳入破产清算时，在一定条件下可以作为被告起诉。这要求我们在处理此类案件时，应充分了解分支机构的法律地位、财产状况以及诉讼程序中的特殊考虑。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。