专利协议合同中的不可撤销条款，其有效性并非绝对，而是取决于多种因素，包括条款的具体内容、双方当事人的真实意愿以及是否违反了相关法律法规的强制性规定或公序良俗。以下是对此问题的详细分析：
一、不可撤销条款有效的情况
双方当事人真实意思表示：
- 如果不可撤销条款是专利协议合同双方在平等、自愿的基础上，经过充分协商后达成的共识，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该条款通常是有效的。这体现了契约自由原则，即当事人有权通过合同条款来约定和限制自身的权利义务。
完全民事行为能力：
- 专利协议合同的双方都必须具有完全民事行为能力，才能确保他们签订的不可撤销条款是合法有效的。如果其中一方不具备完全民事行为能力，那么该条款可能会因此而被认定为无效。
无违法情形：
- 在签订不可撤销条款时，必须确保不存在欺诈、胁迫、乘人之危等违法情形。否则，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构撤销合同，此时不可撤销条款无法阻止合同被撤销。
二、不可撤销条款可能无效的情况
违反法律强制性规定：
- 如果不可撤销条款的内容与法律的强制性规定相冲突，那么该条款将因违法而无效。例如，法律规定在某些特定情形下合同必须可以撤销以保护当事人的合法权益，若合同约定排除这种法定撤销权，则该条款无效。
存在法定可撤销事由：
- 即使合同中有不可撤销条款，但如果合同的订立过程存在重大误解、一方以欺诈、胁迫手段或者乘人之危使对方在违背真实意思的情况下订立合同，受损害方仍有权请求撤销合同。在这种情况下，不可撤销条款无法阻止合同的撤销。
显失公平：
- 若不可撤销条款的设定导致合同双方的权利义务严重失衡，使得一方当事人遭受重大不利，这种显失公平的情况也可能导致该条款被认定为无效或整个合同被撤销。例如，在专利协议中，如果一方利用另一方的急迫需求或缺乏经验，设定明显对自己极为有利的不可撤销条款，这种情况下该条款可能不具有法律效力。
特定合同类型的特殊规定：
- 对于专利协议这类特定类型的合同，法律可能会有特别的规定来保护当事人的合法权益。这些特别规定可能影响到不可撤销条款的有效性。因此，在判断不可撤销条款的有效性时，还需要考虑专利协议的特点及其相关的法律规定。
三、实际案例与法律后果
- 实际案例：假设在一份专利许可协议中，双方约定了不可撤销条款，但后来发现该专利存在重大缺陷，导致被许可方无法正常使用。此时，如果被许可方能够证明该缺陷在合同订立时双方均不知情，且该缺陷的存在使得合同目的无法实现，那么被许可方有权请求撤销合同，尽管合同中有不可撤销条款。
- 法律后果：一旦合同被撤销，自始没有法律约束力。双方应根据法律规定，就因合同而产生的权利义务进行相应处理，如返还财产、赔偿损失等。
综上所述，专利协议合同中的不可撤销条款并非绝对有效，其有效性取决于多种因素。在签订专利协议时，双方应充分了解相关法律法规，确保合同条款的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。