结论前置：公司有仲裁纠纷时，股东是可以进行变更的，但这一变更需遵循公司法等相关法律法规的规定，并确保不影响仲裁纠纷的解决及对方当事人的权益实现。
详细分析：
- 法律允许股东正常变更
根据《公司法》及相关法律法规，公司的股东变更是一个正常的法律程序。股东之间可以相互转让其全部或部分股权，股东向股东以外的人转让股权时，也应经过必要的法定程序，如签署股权转让协议、经过必要比例的股东同意、完成工商登记变更等。这一过程是公司内部治理的事项，与公司是否处于仲裁纠纷状态无直接关系。
- 仲裁纠纷与股东变更的独立性
仲裁纠纷是公司与其他主体（如合作伙伴、客户、员工等）之间就特定事项产生的争议，并寻求通过仲裁方式解决。仲裁的主体是争议双方，而非股东个人。因此，仲裁纠纷本身并不直接涉及或限制公司股东的变更。股东变更不会改变公司作为仲裁当事人的法律地位，也不会影响仲裁程序的进行。
股东变更可能带来的间接影响及应对建议
- 公司控制权与经营策略变化：新股东接手后，可能会对公司的经营策略、管理方式等产生影响，这可能间接影响到仲裁纠纷的解决速度和方式。因此，公司在变更股东时，应充分考虑新股东对仲裁纠纷的态度和策略，确保仲裁纠纷的顺利解决。
- 资产重组或转移风险：若公司在仲裁期间通过股东变更等方式恶意转移资产，可能会损害对方当事人的权益，影响仲裁结果的执行。为避免此类风险，公司应确保资产转移的合法性和透明度，必要时可寻求法律意见或进行资产保全。
- 公司信誉与形象影响：股东变更可能引发外界对公司经营状况的猜测和关注，进而影响公司的信誉和形象。公司应积极与仲裁对方当事人沟通，说明股东变更的合法性和必要性，以维护公司的良好形象。
法律建议：
- 在进行股东变更时，公司应严格遵守相关法律法规的规定，确保变更程序的合法性和有效性。
- 公司应充分考虑股东变更可能对仲裁纠纷产生的影响，并制定相应的应对策略和措施。
- 若仲裁纠纷涉及重大利益或复杂法律问题，公司可寻求专业律师的法律意见和支持，以确保自身权益得到充分保护。
可能法律后果：
若公司在仲裁纠纷期间进行股东变更时违反相关法律法规或损害对方当事人权益，可能面临以下法律后果：
- 仲裁结果可能对公司不利，如需承担更高的赔偿责任或面临更严格的执行措施。
- 公司可能因违法违规行为受到行政处罚或刑事追究。
- 公司的信誉和形象可能受到严重损害，进而影响其未来的经营和发展。
综上所述，公司有仲裁纠纷时股东是可以进行变更的，但应谨慎操作并确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。