针对您提出的“基地内违规建设别墅如何处置”的问题，这确实是一个涉及法律法规和城乡规划的重要议题。以下是我根据相关法律法规和常见处理方式，为您提供的详细解答：
一、政府部门有权采取的处理措施
在发现基地内违规建设别墅的行为后，相关部门（如自然资源主管部门、城市管理部门等）将依据违规情节的轻重，依法采取以下处理方式：
责令停止建设：
- 一旦发现违规建设行为正在进行，相关部门会立即发出停止建设通知，要求建设者立即停止所有建设活动，以防止违规行为进一步扩大影响或造成不可逆的损害。
限期改正与拆除：
- 对于情节较轻、可改正的违规行为，如别墅建设超出了规定的面积标准但超出部分较少，且不影响整体规划和公共利益，相关部门会要求当事人在规定期限内采取改正措施，如拆除超出部分或调整建筑布局。
- 对于严重违反土地管理法规和城乡规划的建设，如占用基本农田、生态保护区或违反城市总体规划等，相关部门将责令当事人在规定期限内自行拆除违规建筑。若未在规定时间内拆除，行政机关将依法强制拆除，并可能处以罚款。
没收违法建筑物：
- 在某些情况下，如果别墅建设符合土地利用总体规划但未办理合法审批手续，政府有权没收该违法建筑物，并根据实际情况进行后续处理，如将其用于公共事业或进行拍卖等。
罚款与行政处分：
- 根据《土地管理法》、《城乡规划法》等相关法律规定，对违规建设别墅的行为可以并处以罚款。罚款数额将根据违规的具体情节和当地的相关规定来确定。
- 在情节特别严重或造成重大损失的情况下，当事人还可能面临行政处分，如警告、记过、降级、撤职等。
刑事责任追究：
- 如果违规建设行为构成犯罪，如非法占用农用地罪、滥用职权罪等，当事人还将面临刑事责任的追究，包括有期徒刑、拘役等刑罚。
二、具体违规情形及处理方式
未经批准擅自建房：
- 在基地内未经批准擅自建设别墅，即使属于自家土地，也需按照规定程序取得相关审批手续。否则，将面临责令停止建设并限期补办手续；若不符合规划要求，则可能面临限期拆除或没收违法建筑物的处罚。
超面积建房：
- 各地对于别墅建设的面积标准都有明确规定。超出规定面积的部分将被视为违规。超出部分若较少且不影响整体规划，可通过补办手续调整为合规；若不符合分户条件或严重影响规划，则超出部分需限期拆除或采取其他处理措施。
擅自改变土地用途：
- 如果基地原本规划为农业用地、生态保护区或其他非建设用地，而擅自改为建设别墅，这将构成严重违规。相关部门将责令限期拆除违规建筑，并可能面临其他严厉处罚，如恢复土地原状、罚款等。
三、当事人的救济途径
面对政府部门的处理决定，当事人如有异议，可通过以下法律途径维护自身合法权益：
申请行政复议：
- 自知道具体行政行为之日起六十日内，当事人可向复议机关提出行政复议申请。复议机关将对原行政行为进行审查，并作出复议决定。
提起行政诉讼：
- 当事人也可选择直接向人民法院提起行政诉讼，请求法院对政府部门的处理决定进行审查和判决。一般应自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。
四、预防与监管建议
为减少类似违规事件的发生，建议加强以下方面的预防与监管：
加强审批与管理流程：
- 确保所有别墅建设活动均符合法律法规的要求，严格审批程序，防止违规建设行为的发生。
提升公众法律意识与规划意识：
- 通过加强公众教育，提升民众对土地管理法规和城乡规划的认识和遵守意识，引导民众自觉遵守相关规定和要求。
加强监管与执法力度：
- 相关部门应加强对别墅建设活动的监管和执法力度，及时发现并处理违规建设行为，维护城乡规划的严肃性和合法性。
综上所述，处理基地内违规建设别墅的问题时，需综合考虑多种因素，并根据具体情况采取相应措施。既要维护法律的权威性和规划的严肃性，也要兼顾当事人的合法权益与社会稳定大局。如遇具体问题或纠纷，建议及时咨询当地律师或相关专业部门，以获得更准确的法律意见和帮助。