公司罚员工款是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但在特定条件下可能合法。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的不合法性
法律依据缺失：
- 自2008年1月15日《企业职工奖惩条例》废止后，我国法律未再明确赋予用人单位对劳动者进行罚款的权力。罚款作为一种行政处罚措施，其设定和实施需由法律、法规明确规定，而公司并不具备实施经济处罚权的主体资格。因此，除非有特别规定，否则公司对员工罚款通常被视为不合法。
公司规章制度要求：
- 根据《劳动合同法》，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若公司未经此民主程序制定包含罚款内容的规章制度，则该规章制度不合法，依据其进行的罚款也不合法。
- 即使规章制度经过了民主程序，若其中罚款规定违反法律、法规强制性规定（如罚款数额过高，严重影响员工基本生活），也是无效的。
损害员工权益：
- 如果公司罚款的额度过高，导致员工的工资收入无法满足其基本生活需求，或者罚款行为明显不合理、不公正，这种罚款行为将损害员工的合法权益，也是不合法的。
二、特殊情况下的合法性
赔偿经济损失：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同约定要求其赔偿经济损失。此时，可从劳动者工资中扣除赔偿金额，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 这种情况下的扣除工资是基于员工对单位造成的实际损失而承担的赔偿责任，与一般的罚款性质不同，且有明确的扣除比例和底线限制。
基于劳动合同约定：
- 当劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定时，公司可以依据合同约定要求员工支付一定的经济赔偿或违约金。例如，劳动合同中约定员工若违反保密条款需支付违约金的情况。但这种情况也需谨慎处理，确保合同条款的合法性和合理性。
三、员工权益保护与建议
- 了解权益：员工应了解自己的合法权益，包括工资支付、规章制度制定程序等方面的规定。
- 协商解决：若员工认为公司罚款行为不合法，首先可与公司协商解决，表达自己的诉求和理由。
- 投诉与仲裁：协商不成时，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。劳动保障行政部门会责令用人单位限期支付克扣的工资，并可能加付赔偿金。
- 完善规章制度：公司应建立完善的规章制度，明确可罚款的情形、标准和程序，并确保规章制度不违反法律法规的强制性规定。同时，加强与员工之间的沟通和交流，确保员工了解公司的规章制度和罚款政策。
总结：公司对员工的罚款行为并非一概而论地合法或不合法，而是需根据具体情况来判断。在大多数情况下，由于法律未赋予公司罚款权力，且公司规章制度制定程序和内容需严格遵守法律规定，因此罚款行为往往被视为不合法。然而，在特定情况下（如员工因个人原因给公司造成经济损失或劳动合同中有明确约定时），公司有权要求员工承担一定的经济赔偿责任或违约金，但这并不等同于罚款。员工在面对公司罚款时，应了解自己的合法权益，并采取适当措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。