违规持有非上市公司股份在公司上市后的处理，需结合违规性质、持股比例、是否主动披露及整改情况等因素综合判断，可能涉及行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任，具体定性如下：

1. 行政责任：违反证券监管规定的处罚

• 违规情形：若持股行为违反《证券法》《上市公司董事、监事和高级管理人员所持本公司股份及其变动管理规则》等规定（如未履行信息披露义务、超比例持股、利用内幕信息交易等），上市后可能被证监会或交易所认定为违规。
• 处理方式：
  • 责令改正：要求限期转让违规持有的股份，或通过其他方式消除违规状态；
  • 警告或罚款：对个人或机构处以警告，并处以违法所得1-10倍罚款（无违法所得的，可能处50万-500万元罚款）；
  • 市场禁入：对直接责任人采取一定期限或终身证券市场禁入措施。

2. 民事责任：对其他股东或公司的赔偿义务

• 违规情形：若持股行为损害公司或其他股东利益（如通过关联交易、操纵股价等获取不当利益），上市后可能面临民事索赔。
• 处理方式：
  • 赔偿损失：需向受损方赔偿因违规持股导致的直接经济损失（如股价下跌损失、分红减少等）；
  • 归入权行使：若违规收益属于公司（如利用职务便利低价购股），公司可要求将收益归入公司资产。

3. 刑事责任：严重违规可能构成犯罪

• 违规情形：若持股行为涉及欺诈发行、内幕交易、操纵市场等严重违法行为，可能触犯《刑法》相关条款。
• 处理方式：
  • 欺诈发行股票罪：若违规持股与欺诈上市相关，可能处5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；
  • 内幕交易罪：利用未公开信息交易股票，可能处5年以下有期徒刑或拘役，并处违法所得1-5倍罚金；
  • 操纵证券市场罪：通过集中资金优势操纵股价，可能处5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

4. 合规整改建议：降低风险的关键步骤

• 主动披露：上市前或上市后尽快向监管机构报告违规持股情况，配合调查并整改；
• 股份处置：通过合法途径（如协议转让、大宗交易）减持违规股份，避免继续违规；
• 完善内控：建立合规管理制度，明确持股披露流程，防止类似问题再次发生。

提示：具体处理需结合违规细节、证据充分性及监管态度综合判断。若涉及复杂情形（如跨境持股、多层嵌套架构），建议提供详细信息进一步分析。