公司按最低工资标准为员工缴纳公积金，这种做法是否合法不能一概而论，需分情况讨论：

1. 若当地公积金缴存基数下限等于最低工资标准，则合法
   根据《住房公积金管理条例》第十六条，职工住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以职工住房公积金缴存比例。同时，条例规定缴存基数不得低于当地人社部门公布的“上一年度职工月最低工资标准”。若当地明确将最低工资标准作为公积金缴存基数下限，且公司按照该标准及法定比例（5%-12%）为员工缴纳，则属于合法操作。例如，某地最低工资标准为2000元/月，公司按2000元基数、5%比例为员工缴纳公积金，即符合规定。

2. 若员工实际工资高于最低工资标准，但公司仍按最低标准缴纳，则违法
   若员工上一年度月平均工资（如5000元）高于当地最低工资标准，但公司未以实际工资作为缴存基数，而是擅自降低至最低工资标准，则违反了《住房公积金管理条例》中“缴存基数应为员工上一年度月平均工资”的核心规定。此时，员工有权要求公司补缴差额部分（即按5000元基数计算应缴金额与已缴金额的差值），并可向当地住房公积金管理中心投诉，管理中心将责令公司限期整改。

补充说明与建议：

• 地区差异需注意：各地对公积金缴存基数的下限规定可能不同，部分城市可能以“社平工资的60%”或“最低工资标准”中的较高者作为下限，需结合当地具体政策判断。
  
• 维权途径：若发现公司违法操作，员工可先与公司协商要求调整；协商无果的，可携带劳动合同、工资流水等证据，向当地住房公积金管理中心举报（可通过官网、热线或现场提交材料），管理中心将介入调查并处理。
  
• 公司合规建议：为避免法律风险，公司应定期核对当地公积金政策，确保缴存基数为员工上一年度月平均工资，且不低于当地规定的下限标准；若需调整缴存比例或基数，应履行民主程序（如职工代表大会讨论）并公示。
  

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