针对您提出的“重疾超过100万核保不过的理由是否有法律依据”这一问题，我们可以从法律和保险合同的角度进行详细分析。
首先，要明确的是，保险公司核保不过的理由，通常基于保险合同中的条款约定以及相关的法律法规。在重疾保险中，核保不过可能涉及多个方面，包括但不限于被保险人的健康状况、既往病史、诊断方式是否符合合同约定等。
关于法律依据：
《中华人民共和国保险法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国保险法》第十九条，采用保险人提供的格式条款订立的保险合同中，免除保险人依法应承担的义务或者加重投保人、被保险人责任的条款，以及排除投保人、被保险人或者受益人依法享有的权利的条款，是无效的。这意味着，如果保险公司以不合理的诊断方式要求作为核保条件，从而加重了被保险人的责任或排除了其依法享有的权利，这样的条款在法律上是无效的。
合同中的疾病诊断标准应符合通行医学标准：
- 在疾病类保险合同中，设定的疾病保险金条款旨在确认被保险人确诊该疾病且病情达到某种程度，而非单纯限定诊断方式。合同条款中约定的疾病诊断标准应当符合通行的医学诊断标准，并考虑到医疗技术条件发展的趋势。如果保险公司以与通行医学标准不符的诊断方式作为核保条件，这同样可能构成不合理加重被保险人责任的行为。
关于您提到的“重疾超过100万核保不过”的具体情况：
- 如果保险公司以“未按照合同约定做检查”或“诊断方式不符合合同约定”为由拒绝赔付，您需要仔细审查保险合同中的相关条款。特别是要关注合同中关于疾病诊断标准、检查项目以及赔付条件的具体约定。
- 如果合同中的条款确实存在不合理加重被保险人责任或排除其依法享有权利的情况，您可以依据《中华人民共和国保险法》的相关规定，向保险公司提出异议，并寻求法律途径解决争议。
- 在实际操作中，法院通常会根据通行医学标准、合同条款的合理性以及被保险人的实际情况等因素，综合判断保险公司是否应承担赔付责任。如您提供的案例中，法院最终判令保险公司支付保险金，并豁免后期保险费，正是基于这样的判断。
建议：
- 在购买重疾保险时，务必仔细阅读保险合同中的条款，特别是关于疾病诊断标准、检查项目以及赔付条件的部分。
- 如果对合同条款存在疑问或不解，应及时向保险公司咨询并要求其作出通俗易懂的说明。
- 在理赔过程中，注意保存好全部医疗记录、诊断证明以及与保险公司沟通记录等证据，以便在需要时维护自己的合法权益。
综上所述，重疾超过100万核保不过的理由是否有法律依据，取决于保险合同中的条款约定以及相关的法律法规。如果保险公司的核保条件不合理或违反了法律规定，您有权提出异议并寻求法律途径解决争议。