员工旷工自离时，用人单位不能随意扣除全部工资，扣除部分需符合法律规定且合理，一般只能扣除旷工期间对应工资，同时若给单位造成损失，可按合同约定或实际损失扣除相应赔偿，但扣除后工资不得低于当地最低工资标准。具体分析如下：
- 关于旷工期间工资的扣除
根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
对于旷工自离的员工，用人单位可以扣除其旷工期间的工资。例如，员工日工资为200元，旷工3天，则用人单位可扣除600元工资。但需注意，这种扣除是基于员工实际未提供劳动的情况，而非用人单位对员工的惩罚性措施。
- 关于因旷工给单位造成损失的赔偿
如果员工的旷工行为给用人单位造成了实际经济损失，用人单位除了可以扣除旷工期间的工资外，还可以要求员工赔偿这部分损失。但赔偿金额需合理，且需有充分的证据证明损失的存在及与员工旷工行为的因果关系。
例如，员工旷工导致用人单位无法按时完成订单，从而产生了违约金或赔偿金等损失，用人单位可以要求员工承担这部分损失。但赔偿金额需经过双方协商或法律程序确定，不能随意扣除。
- 关于扣除工资的合法性与合理性
用人单位在扣除员工工资时，必须确保扣除的合法性与合理性。合法性体现在扣除行为需符合法律法规的规定，如上述提到的《工资支付暂行规定》等；合理性则体现在扣除的金额需与员工的过错程度、实际损失等因素相匹配，不能过度扣除或恶意克扣。
建议：
- 用人单位应制定完善的规章制度，明确旷工的定义、处理方式及工资扣除标准等，以便在员工旷工时能够有章可循。
- 在处理旷工自离员工时，用人单位应保留好相关证据，如考勤记录、工作交接单、损失证明等，以便在需要时能够证明自己的主张。
- 如果员工对工资扣除有异议，用人单位应积极与员工沟通协商，寻求妥善解决方案；如果协商无果，可以通过法律途径解决争议。