对《医疗机构管理条例》第三十六条行使监管权的部门主要是卫生行政部门。以下是对此问题的详细分析：

1. 条例内容与监管权：

   • 《医疗机构管理条例》第三十六条通常涉及医疗机构的具体管理要求或规定（具体条款内容可能因条例修订而有所变化，但核心在于医疗机构的日常管理和监督）。
   • 卫生行政部门作为医疗机构的主管部门，负责监督医疗机构执行相关法规、规章和政策，确保其合法、合规运营。

2. 卫生行政部门的职责：

   • 卫生行政部门有权对医疗机构进行定期或不定期的监督检查，包括对其医疗质量、医疗安全、医务人员资质、医疗设备使用等方面的检查。
   • 若发现医疗机构存在违反《医疗机构管理条例》第三十六条或其他相关法规的行为，卫生行政部门有权依法进行处罚，包括警告、罚款、吊销执业许可证等。

3. 其他可能的监管主体：

   • 在某些特定情况下，如医疗机构涉及违法行为且构成犯罪的，公安机关、检察机关等司法机关也会介入调查和处理。但这些情况通常不直接涉及对《医疗机构管理条例》第三十六条的监管，而是对医疗机构违法行为的刑事追究。
   • 另外，如果医疗机构存在医疗纠纷或医疗事故，且涉及对患者权益的侵害，那么医疗纠纷人民调解委员会或法院等也可能在调解或诉讼过程中对医疗机构的相关行为进行审查和评判。但这同样不直接等同于对《医疗机构管理条例》第三十六条的监管。

4. 实际操作中的建议：

   • 对于医疗机构而言，应严格遵守《医疗机构管理条例》及相关法规、规章和政策，确保合法、合规运营。
   • 若遇到卫生行政部门的监督检查或处罚，应积极配合并主动整改存在的问题。
   • 若对卫生行政部门的处罚决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

总结来说，对《医疗机构管理条例》第三十六条行使监管权的主要是卫生行政部门。医疗机构应严格遵守相关法规，确保合法运营，并在遇到监管或处罚时积极应对。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。