程序违法但已经判决的案件是可以申诉的，且申诉是处理此类案件的重要法律途径。以下从申诉的法律依据、申诉条件、申诉程序及处理方式几个方面进行详细说明：

1. 申诉的法律依据
   根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百五十三条及《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零七条的规定，若案件存在“违反法定诉讼程序，可能影响公正审判/判决”的情形，当事人有权向上一级法院提出申诉或申请再审。程序违法包括但不限于：审判组织组成不合法、违反回避制度、剥夺当事人辩论权利、未经传票传唤缺席判决等。

2. 申诉条件与核心要点

   • 时效性：刑事案件申诉期限一般为刑罚执行完毕后两年内，民事案件再审申请期限为判决生效后六个月内（但存在新证据、伪造证据等情形可延长）。
     
   • 程序违法与实体影响关联性：需证明程序违法“可能影响公正判决”，例如关键证据未质证导致事实认定错误，或管辖错误导致审判不公。
     
   • 材料准备：需提交申诉状、生效判决书、程序违法证据（如庭审记录缺失、未依法送达文书等）及其他相关材料。

3. 申诉程序与处理方式

   • 刑事案件申诉流程：
     
     1. 向作出生效判决的法院或其上一级法院提出申诉；
        
     2. 法院审查后决定是否立案复查（通常需三个月）；
        
     3. 若认定程序违法且影响公正，法院将裁定再审，并中止原判决执行；
        
     4. 再审法院可能撤销原判、发回重审或直接改判。
        
   • 民事案件再审流程：
     
     1. 向原审法院或上一级法院申请再审；
        
     2. 法院审查材料后决定是否启动再审（需在三个月内审查完毕）；
        
     3. 再审程序可能中止原判决执行，最终以裁定撤销、改判或维持原判结案。
        

4. 实务建议

   • 及时行动：程序违法申诉需严格把握时效，逾期可能丧失救济权利；
     
   • 证据固定：通过调取庭审录像、文书送达记录等证明程序违法；
     
   • 专业辅助：程序违法认定需结合具体案情和法律条文，建议委托律师分析违法点与实体结果的关联性，提高申诉成功率。
     

若您的案件存在程序违法情形，可进一步向我描述具体细节（如审判阶段、违法类型等），我将结合案情为您制定申诉策略。