在离婚案件中，如果原告指控被告患有传染病，法院将会全面、细致地考量多个方面的因素来作出公正的判决。以下是对这一问题的详细解答：

一、对夫妻感情是否破裂的评估

法院首先会判断夫妻感情是否确已因传染病而破裂。这包括考察传染病对夫妻日常生活的实际影响，以及双方是否因此产生了无法调和的矛盾。如果法院认定传染病严重干扰了夫妻的正常生活，导致夫妻感情确实破裂，那么判决离婚的可能性会较大；反之，如果法院认为夫妻感情并未受到实质性影响，或者双方仍有和好的可能，那么可能会不准予离婚。

二、对子女抚养权的考量

如果双方有子女，传染病的存在可能会对子女抚养权的归属产生影响。法院在判定子女抚养权时，会优先考虑子女的身心健康和合法权益。具体来说，如果被告所患的传染病具有较强的传染性，并且存在可能影响子女健康成长的风险，那么法院在判决时可能会更倾向于将抚养权判给健康的一方。

三、对财产分割的影响

在财产分割方面，传染病本身通常不会直接对财产分割产生作用。财产分割主要是依据夫妻共同财产的具体范围，以及双方在婚姻期间对财产的贡献等法定因素来进行合理划分。然而，如果因治疗传染病而产生了数额较大的债务，法院就需要进一步判断该债务是否属于夫妻共同债务，并在财产分割时予以考虑。

四、其他相关因素

除了上述因素外，法院还会综合考虑其他相关因素，如双方的经济状况、生活能力、对家庭的贡献等，以作出更加全面、公正的判决。

五、建议与注意事项

1. 保持冷静与理性：无论情况如何，双方都应保持冷静与理性，避免情绪化的行为或言论。
2. 积极收集证据：如果原告指控被告患有传染病，应积极收集相关证据，如医疗记录、诊断报告等，以支持自己的主张。
3. 寻求专业帮助：在处理这类复杂的离婚案件时，寻求专业律师的帮助是非常必要的。律师可以提供专业的法律意见和指导，帮助双方更好地维护自己的权益。

综上所述，离婚时原告指控被告有传染病是一个复杂而敏感的问题。法院在判决时会全面考量多个方面的因素，以确保判决的公正性和合理性。双方应积极配合法院的调查和审理工作，并寻求专业律师的帮助来维护自己的合法权益。