未经验收合格擅自施工（这里理解为擅自投入使用，因通常施工完成需验收合格后方可投入使用）的处罚措施主要包括以下几点：
责令改正：
- 监管部门（如住建部门）在发现未经验收合格擅自投入使用的行为后，会首先要求建设单位立即停止违法行为，并限期完成验收程序。这是最直接且首要的处罚措施，旨在纠正违法行为，确保工程合法合规。
- 若存在安全隐患，监管部门还可能采取强制拆除或采取其他补救措施，以消除潜在风险。
罚款：
- 根据《建设工程质量管理条例》第五十八条的规定，对于未组织竣工验收擅自交付使用，或验收不合格擅自交付使用，或对不合格的建设工程按照合格工程验收的行为，监管部门将责令建设单位改正，并处以工程合同价款2%以上4%以下的罚款。
- 罚款计算公式：罚款金额 = 工程合同价款 × 罚款比例（2%至4%）。例如，若工程合同价款为1000万元，罚款范围则为20万至40万元。
- 对于施工单位，若其配合建设单位擅自使用工程，也可能被处以罚款，并可能面临降低资质等级或吊销资质证书的处罚。
民事赔偿：
- 若未经验收合格擅自投入使用的行为导致损失，如工程质量问题引发的安全事故或财产损失，建设单位还需依法承担民事赔偿责任。这包括赔偿受害者的直接经济损失以及可能产生的间接损失。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果未经验收合格擅自投入使用的行为构成犯罪，如工程重大安全事故罪，相关责任人还可能面临刑事责任的追究。这通常涉及严重的安全事故或造成重大人员伤亡和财产损失的情况。
合规建议与风险提示：
- 严格履行验收程序：建设单位应严格按照法定流程组织勘察、设计、施工、监理等单位进行联合验收，确保工程符合质量标准并具备交付使用条件。
- 避免“边验边用”：即使部分区域已完工，也需整体验收后再投入使用，以避免因局部使用而引发的法律风险。
- 保留书面证据：建设单位应确保验收文件齐全，包括竣工报告、验收合格证书等，以避免因手续不全被认定为擅自使用。
- 关注地方实施细则：不同地区可能会根据当地实际情况制定具体实施细则或补充规定来落实对这类违法行为的处罚。因此，建设单位在具体操作中还需关注并遵守当地的相关规定。
总结：未经验收合格擅自投入使用的行为不仅违反了相关法律法规，还将面临严厉的行政处罚、经济赔偿甚至刑事责任。因此，我建议建设单位务必严格遵守相关法律法规，确保建设工程经过合法验收后再投入使用。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。