针对保密二级单位丢失两份机密文件的情况，这是一个非常严重的问题，需要立即采取一系列措施来应对和处理。以下是我为您提供的详细处理建议：
一、立即报告与启动应急响应
立即报告：一旦发现机密文件丢失，应第一时间向上级保密管理部门报告，详细说明丢失文件的情况，包括文件名称、密级、丢失时间、可能丢失的环节等。
启动应急响应：根据单位保密应急预案，迅速启动应急响应机制，成立专门的工作小组，负责查找丢失文件、评估影响范围、制定补救措施等。
二、全力查找丢失文件
内部排查：组织人员对单位内部进行全面排查，包括办公室、档案室、会议室等可能存放文件的地方，以及所有可能接触过文件的人员。
外部调查：如果怀疑文件可能被外部人员获取，应立即向公安机关报案，并配合公安机关进行调查。
利用技术手段：如果单位有安装监控设备或使用其他技术手段，应充分利用这些资源来查找丢失文件的线索。
三、评估影响与制定补救措施
评估影响：根据丢失文件的密级和内容，评估可能对国家安全、单位利益等造成的影响，为制定补救措施提供依据。
制定补救措施：根据评估结果，制定具体的补救措施，如加强保密教育、完善保密制度、加强涉密载体管理等，以防止类似事件再次发生。
四、严肃处理责任人员
查明责任：通过调查，查明丢失文件的具体责任人员，包括直接责任人员和管理责任人员。
严肃处理：根据单位保密规定和相关法律法规，对责任人员进行严肃处理，包括警告、记过、降级、撤职等处分，甚至可能追究刑事责任。
五、加强后续保密管理
完善保密制度：针对此次事件暴露出的问题，完善单位保密制度，明确涉密文件的管理流程、借阅复制等使用规定、存放要求等。
加强保密教育：组织全体员工进行保密教育，提高保密意识，确保每个人都了解保密规定和要求，知道如何正确处理涉密文件。
定期检查与自查：定期对单位保密工作进行检查和自查，及时发现和消除保密隐患，确保保密工作的有效性和持续性。
六、法律依据与参考
根据《最高人民检察院关于渎职侵权犯罪案件立案标准的规定》以及《泄密案件查处办法》的相关规定，泄露机密级国家秘密2项（件）以上的，应予立案。同时，属于国家秘密的文件资料或者其他物品下落不明的，自发现之日起，机密级60日内查无下落的，按泄露国家秘密处理。因此，此次事件必须严肃对待，依法依规进行处理。
综上所述，保密二级单位丢失两份机密文件是一个非常严重的问题，需要立即采取一系列措施来应对和处理。通过全力查找丢失文件、评估影响与制定补救措施、严肃处理责任人员、加强后续保密管理等措施，可以最大限度地减少损失和影响，并防止类似事件再次发生。