结论：申请执行人发现保证人多年前恶意串通转移财产，是有权起诉确认该行为无效的。下面我将从法律依据、起诉条件、可能面临的挑战及应对建议等角度进行详细分析。

法律依据

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的民事法律行为无效。在债务债权关系中，如果保证人与他人恶意串通，通过转移财产等方式逃避债务，损害了申请执行人的合法权益，那么这种行为是违法的，申请执行人有权请求法院确认该行为无效。

起诉条件

1. 存在恶意串通行为：申请执行人需要提供充分的证据证明保证人与他人存在恶意串通的行为，比如通过伪造合同、虚构债务等方式转移财产。
2. 损害申请执行人利益：该恶意串通行为必须导致了申请执行人利益的损害，即由于保证人转移财产，导致申请执行人无法执行到相应的财产或债权。
3. 在法定时效内起诉：虽然恶意串通转移财产的行为可能发生在多年前，但只要申请执行人发现该行为后，在法定的诉讼时效期间内提起诉讼，法院就会受理。一般来说，民事诉讼的时效期间为三年，但具体还需根据案件情况和相关法律规定来判断。

可能面临的挑战及应对建议

1. 证据收集困难：由于恶意串通行为往往具有隐蔽性，申请执行人可能难以收集到充分的证据。对此，建议申请执行人积极寻求专业律师的帮助，通过法律途径调查取证，比如申请法院调查令、向相关部门调取证据等。
2. 诉讼时效问题：如果恶意串通行为发生在多年前，申请执行人可能会担心诉讼时效问题。但如前所述，只要申请执行人在发现该行为后及时提起诉讼，且该诉讼在法定时效期间内，法院就会受理。因此，申请执行人不必过于担心诉讼时效问题，但应尽快采取行动。
3. 被告抗辩：在诉讼过程中，保证人可能会提出各种抗辩理由，比如否认恶意串通、主张转移财产是合法行为等。对此，申请执行人应做好充分的准备，提供充分的证据来反驳被告的抗辩，并阐述自己的主张和理由。

实际操作建议

1. 咨询专业律师：在提起诉讼前，申请执行人应咨询专业律师，了解案件的法律性质、诉讼风险及可能的法律后果等，以便做出明智的决策。
2. 准备充分证据：申请执行人应积极收集证据，包括书面证据、证人证言、鉴定意见等，以证明保证人存在恶意串通转移财产的行为。
3. 及时提起诉讼：在收集到充分证据后，申请执行人应及时向法院提起诉讼，请求确认保证人的恶意串通行为无效，并要求恢复原状或赔偿损失等。

最后，申请执行人发现保证人多年前恶意串通转移财产，是有权起诉确认该行为无效的。但在此过程中，申请执行人可能会面临一些挑战和困难。因此，我建议申请执行人积极寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。