合同中双方约定的违约金，在符合法律法规和公平原则的前提下，是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、违约金的合法性依据
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这一条款明确赋予了合同双方在签订合同时约定违约金的权利，是违约金合法性的直接法律依据。
二、违约金约定的条件
自愿原则：
- 违约金条款必须是双方在自愿、平等、诚实信用的基础上达成的真实意思表示，不存在欺诈、胁迫等不当行为。这是基于《中华人民共和国民法典》第五条关于民事活动自愿原则的规定。
- 实例：在商业合作协议中，双方自愿约定保密义务的违约金，该约定合法有效。
合理性原则：
- 违约金的数额应当合理，不得过分高于或低于因违约所造成的实际损失。如果约定的违约金过高或过低，人民法院或仲裁机构有权根据当事人的请求进行适当调整。
- 调整标准：根据《民法典》及相关司法解释，若约定的违约金超过实际损失的30%，通常可视为“过分高于”，人民法院或仲裁机构可根据请求适当减少；若约定的违约金低于实际损失，则可根据请求增加。
- 实例：买卖合同中，货物总价值为10万元，但违约金约定为50万元，这种过高的违约金可能会被法院调整至合理范围，如调整为实际损失的1.3倍以内。
特殊情况的限制：
- 在特定情况下，如劳动者与用人单位之间的劳动合同中，违约金的约定受到一定限制。根据《中华人民共和国劳动合同法》，只有在用人单位为劳动者提供专项培训费用或约定竞业限制的情况下，才可以约定违约金。
三、违约金的履行与调整
履行义务：
- 当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，应依法承担违约责任。损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失。
调整机制：
- 如果约定的违约金低于造成的损失，受损害方可以请求人民法院或仲裁机构增加；如果约定的违约金过分高于造成的损失，违约方可以请求适当减少。这一机制确保了违约金的合理性和公平性。
四、实际应用中的注意事项
明确约定：
- 在签订合同时，应明确约定违约金的数额、计算方式及适用条件，确保条款的清晰性和可操作性。
合理性评估：
- 双方应充分考虑违约金的合理性，避免过高或过低的约定，以减少未来可能的法律纠纷。
法律途径解决争议：
- 在遇到违约金争议时，应及时寻求法律途径解决，如协商、调解、诉讼或仲裁等。
总结与建议：合同中双方约定的违约金在符合法律法规和公平原则的前提下是合法的。在实际应用中，双方应谨慎约定违约金的数额和条件，确保其合理性和可执行性。如果遇到违约金争议或需要进一步了解相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。