虚开增值税发票案件的最终处理结果由司法机关依法判定，具体包括公安机关侦查、检察机关审查起诉、法院审判三个核心环节。以下从不同阶段和角度详细说明：

1. 公安机关：立案侦查与证据收集

• 职责：公安机关是虚开增值税发票案件的侦查主体，负责受理报案、立案侦查、收集证据（如发票流向、资金往来、合同真实性等），并抓捕犯罪嫌疑人。
• 关键点：若案件达到刑事立案标准（如虚开税款数额较大、造成国家税款损失等），公安机关会启动刑事程序；若情节轻微，可能转为行政处罚（如税务机关处理）。

2. 检察机关：审查起诉与法律监督

• 职责：检察机关对公安机关移送的案件进行审查，决定是否提起公诉。若证据不足，可退回补充侦查或不起诉；若认为构成犯罪，则向法院提起公诉。
• 关键点：检察机关会重点审查虚开行为的主观故意（如是否以骗税为目的）、客观后果（如税款损失金额）等，确保案件符合刑事追诉标准。

3. 法院：审判与定罪量刑

• 职责：法院是最终裁判机关，通过庭审调查、辩论等环节，依据《刑法》第205条（虚开增值税专用发票罪）及相关司法解释，对被告人定罪量刑。
• 量刑标准：
  • 基本刑：虚开税款数额较大（10万元以上）或造成国家税款损失5万元以上，处3年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；
  • 加重情节：数额巨大（50万元以上）或特别巨大（250万元以上），或造成特别重大损失，处3年以上10年以下有期徒刑或无期徒刑，并处罚金或没收财产。

4. 税务机关：行政处理与移送

• 职责：税务机关在发现虚开行为后，会先进行行政调查（如罚款、没收违法所得、停止出口退税权等）。若涉嫌犯罪，则将案件移送公安机关立案侦查。
• 关键点：税务机关的行政处理与刑事程序并行不悖，但刑事判决的效力会覆盖行政处罚（如已判刑，则不再重复罚款）。

5. 其他参与方

• 辩护律师：为嫌疑人/被告人提供法律辩护，争取从轻、减轻处罚或无罪判决。
• 被害人（如国家）：若税款损失未追回，可通过刑事附带民事诉讼要求赔偿。

总结：虚开增值税发票案件的“说了算”主体是司法机关（公、检、法），但税务机关的行政处理是前置环节。案件结果取决于证据充分性、法律适用准确性及犯罪情节严重程度。若您或您的企业涉及此类案件，建议立即整理相关证据（如合同、发票、资金流水等），并向我详细描述案情，以便进一步分析法律风险及应对策略。