如果村上说土地承包合同不在了，可以通过以下方式处理：

1. 查找备份或副本：

   • 首先，应仔细回忆并查找合同可能存放的位置，包括家中、办公室、村委会档案室等。
   • 如果合同是与其他方共同签订的，可以尝试联系对方，看对方是否保留有合同的副本或备份。

2. 向村委会或相关部门申请调取档案：

   • 村委会作为土地承包合同的管理方之一，通常会保留有合同的档案或记录。
   • 可以向村委会提出申请，要求调取并复印土地承包合同的档案，以证明自己的承包权益。
   • 如果村委会无法提供，还可以尝试向乡镇政府或县级农业部门等更高级别的管理部门申请调取。

3. 通过法律途径解决：

   • 如果无法通过上述方式找到合同或证明自己的承包权益，可以考虑通过法律途径解决。
   • 可以向当地法院提起诉讼，要求确认土地承包合同的效力或恢复合同的原件。
   • 在诉讼过程中，需要提供其他证据来证明自己的承包权益，如土地承包费缴纳凭证、土地使用证明、证人证言等。

4. 预防未来风险：

   • 为了避免类似情况再次发生，建议在未来签订合同时，务必保留好合同的原件和副本。
   • 可以考虑将合同进行公证或备案，以增加其法律效力和可证明性。
   • 同时，定期对合同进行整理和归档，确保合同的完整性和可查找性。