当您发现农村土地承包合同丢失时，确实不必过于担心，因为虽然合同是确认您土地承包权益的重要法律文件，但您的合法权益并不会因此直接丧失。不过，为了确保您能够顺利行使和维护自己的权益，我建议您按照以下步骤来处理这个问题：
一、确认合同的基本信息与存档情况
首先，您需要回忆并确认承包地合同的一些基本信息，比如合同的性质（是家庭承包还是其他方式承包）、承包地的具体位置、面积以及承包期限等。这些信息对于后续查找和补办合同至关重要。同时，您也可以向家庭成员、邻里或村集体了解，看他们是否保留有合同的副本或者知道合同的存档情况。
二、积极查找留存副本
发包方处查找：农村土地承包合同通常会一式多份，发包方（如村集体经济组织或村民委员会）处应该保留有合同的存档。您可以前往村集体的办公地点，向村干部说明情况，申请查阅并复印留存的合同副本。记得要求复印件上加盖公章，以确保其法律效力。
乡镇政府备案查询：除了发包方，乡镇政府的农业农村办公室或相关职能部门也可能存有农村土地承包合同的备案资料。您可以携带个人有效身份证件前往乡镇政府，咨询工作人员合同备案情况，并申请查阅、复印相关文件。
三、申请补办合同
如果在发包方和乡镇政府处都未能找到合同副本，那么您可以向发包方提出补办合同的申请。在申请过程中，您需要详细阐述原合同的相关内容，比如承包地的具体信息、承包起止时间以及双方当事人信息等。发包方在核实情况后，会根据实际情况重新拟定合同，并由双方签字确认。这个过程可能需要村集体出具证明，以证实承包关系的真实性。
四、法律层面固定证据
为了确保您的合法权益不受损害，即使合同丢失，您也需要采取法律手段固定证据，证明您确实承包了那块土地。具体措施包括：
收集证人证言：请当时参与承包过程的见证人（如村干部、其他村民等）出具书面证人证言，以证明承包合同的相关事实。这些证言在后续可能出现的纠纷中将起到重要的证明作用。
利用土地经营权证：如果您已经取得了农村土地承包经营权证，那么这个证书就是您承包关系的重要法律凭证。它记载了承包地的基本信息、承包期限等内容，可以作为您主张权益的有力依据。
收集其他辅助证据：您还可以收集与承包地相关的其他证据，比如缴纳承包费用的收据或转账记录、对承包地进行经营管理的记录（如购买农资的凭证、土地上农作物种植或养殖的记录等）。这些证据虽然为间接证据，但能从侧面印证承包关系的存在和履行情况。
五、预防措施与法律途径
在处理完合同丢失的问题后，我建议您加强对重要合同的管理和保管，避免类似情况的再次发生。同时，如果因合同丢失引发了纠纷，您可以寻求律师的帮助或通过法律途径解决。律师将为您提供专业的法律意见和指导，助您维护自身权益。您也可以考虑向当地农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼。
总之，农村土地承包合同丢失后，您应积极采取措施补办或获取替代证明，并确保所有文件的合法性和有效性。在整个过程中，保持冷静、理性应对，必要时寻求专业法律帮助，以确保您的合法权益得到妥善保护。