结论：母公司的员工在满足特定条件下可以代理子公司的案件，但这一行为受到法律关系、实际工作关联及法院认可情况等多重因素的制约。以下是对此问题的详细分析：
一、法律层面的分析
独立法人资格：
- 子公司作为独立的法人实体，拥有自主选择代理人的权利。这意味着，从法律上讲，子公司有权决定是否委托母公司的员工作为其代理人。
授权委托：
- 若子公司出具正式的授权委托书，明确授权母公司员工代表其参与案件，这种代理行为在法律上是被认可的。授权委托书应详细列明代理权限和范围，以确保代理行为的合法性和有效性。
工作人员身份：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第六十一条的规定，当事人的工作人员可以被委托为诉讼代理人。因此，如果母公司员工能够证明其与子公司存在实质的工作关联（如受子公司实际工作指派、参与子公司日常业务管理、与子公司签订正式劳动合同、由子公司发放工资并缴纳社保等），则该员工可以以“工作人员”身份代理子公司出庭。
二、实际操作中的考量
利益冲突：
- 在代理子公司案件时，母公司员工需确保不存在利益冲突。若案件涉及的事项可能对母公司和子公司产生不同甚至相悖的利益影响，母公司员工应避免代理，以确保公正维护子公司的利益。
专业能力：
- 母公司员工需具备处理相关案件的专业知识和技能。不同类型的案件要求不同的专业素养，如合同纠纷、知识产权纠纷、劳动纠纷等。母公司员工应在相应领域有足够的经验和专业能力，以提供有效的法律支持和代理服务。
内部管理和合规要求：
- 公司内部可能有相关规定或政策对母公司员工代理子公司案件进行规范或限制。此外，还需考虑行业监管规定等外部合规性要求，确保代理行为不违反相关法律法规。
三、特别提醒与建议
提前沟通与确认：
- 在决定由母公司员工代理子公司案件前，建议提前与法院沟通确认代理资格的有效性。这有助于避免因代理资格问题而导致的诉讼延误或失败。
保持职业道德与专业素养：
- 母公司员工在代理子公司案件时，应始终保持高度的职业道德和专业素养。这包括确保代理行为的合法性和正当性、保护子公司的商业秘密和隐私信息等。
考虑其他代理选项：
- 如果母公司员工无法满足代理条件或存在利益冲突等问题，建议考虑其他代理选项，如聘请外部律师或子公司自己的员工作为代理人。
举例说明：假设某全资母公司的法务部门员工A，因长期参与子公司的日常业务管理并与子公司签订了正式劳动合同，因此被视为子公司的工作人员。在此情况下，若子公司需要代理某起合同纠纷案件，且出具了正式的授权委托书给员工A，则员工A可以以“工作人员”身份代理子公司出庭。
总结：母公司员工代理子公司案件并非绝对不可行，但需满足特定的条件和要求。在实际操作中，应综合考虑法律层面的可行性、实际操作中的考量因素以及潜在的限制和风险。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。